Затем Наполеон отдал приказы об экспедиции на Сицилию и полном обеспечении всем необходимым Ионических островов. Своему брату Жозефу Наполеон предписал отобрать у англичан Шилу и Реджо, оставшиеся за ними после экспедиции Сент-Эфеми, и сосредоточить часть полков Неаполитанской армии вокруг Байи и Реджо, подготовив их к погрузке. Он приказал непрестанно отправлять Жозефу и принцу Евгению продовольствие, боеприпасы и новобранцев на Корфу, Кефалонию и Закинф. Наконец, дивизиям Рошфора и Кадиса Наполеон повторил приказ выйти в море и прибыть в Тулон. В Тулон же он отправил адмирала Гантома для командования флотом, которому назначалось контролировать воды Средиземного моря, завершить покорение королевства Неаполя путем захвата Сицилии и упрочить французское владычество на Ионических островах.
Занимаясь морскими позициями в Италии, Наполеон вновь поторопил Португальскую экспедицию. Номинальная численность солдат из лагерей Сен-Ло, Понтиви и Наполеона, объединенных в Байонне под командованием генерала Жюно, составляла 26 тысяч человек, действительная численность – 23 тысячи, в том числе 2 тысячи конников и 36 орудий. На соединение с ними уже выдвигалось подкрепление в 3–4 тысячи человек. Двенадцатого октября, на следующий день после подписания конвенции с Австрией, Наполеон приказал генералу Жюно перейти границу Испании, удовольствовавшись простым уведомлением Мадрида о прохождении французских войск. Он предписал ему следовать через Бургос, Вальядолид, Саламанку, Сьюдад-Родриго, Алькантару и далее – правым берегом Тахо до Лиссабона, наказав двигаться как можно быстрее. Испания обещала присоединить к французским войскам свои собственные – для содействия экспедиции и для участия в разделе добычи. Однако, не полагаясь ни на Испанию, ни на ее войска, Наполеон подготовил вторую армию на случай, если Португалия окажет некоторое сопротивление, или, что было более вероятно, если Англия пришлет к устью Тахо силы, вернувшиеся из Копенгагенской экспедиции. В каждом из пяти резервных легионов, сменивших охранявшие побережье лагеря, уже были снаряжены по два-три батальона. Наполеон приказал собрать их в Байонне, сформировать из них три дивизии и доукомплектовать двумя батальонами Парижской гвардии, четырьмя швейцарскими батальонами из Ренна, Булони и Марселя, третьим батальоном 5-го легкого из Шербура и первым батальоном 47-го линейного из Гренобля. Всем этим частям предстояло оставить расположения и к концу ноября прибыть, в сопровождении 40 орудий и нескольких сотен конников, в Байонну, где из них формировался корпус в 23–24 тысячи человек. Командование корпусом Наполеон поручил генералу Дюпону, одному из выдающихся дивизионных генералов того времени, которому назначалось вскоре сделаться маршалом.