В это время ссора со Святым престолом, об истоках которой мы рассказали, опустив изложение ее повседневных подробностей, с каждой минутой разгоралась всё сильнее. Прибыв в Париж на коронацию Наполеона, папа покинул столицу Франции с великим моральным и религиозным удовлетворением и мирским неудовольствием, оттого что ему не вернули папских провинций. С тех пор, в результате постепенного расширения французского владычества в Италии, независимость папы становилась всё более формальной, и он затаил глубокое разочарование, которого не умел скрыть. Вместо того чтобы договориться с всемогущим государем, который вовсе не думал завладевать суверенитетом Рима и хотел от него только добрососедских отношений с новыми французскими государствами, основанными в Италии, папа поддавался досадным влияниям, тем более властным над его разумом, что они соответствовали его тайным чувствам. Движимый подобной склонностью, он досаждал Наполеону при всяком урегулировании дел, касающемся королевства Италии. Он притязал на сохранение в нем всех прав папства, якобы гораздо более сильных в Италии, нежели во Франции, и не соглашался на равный конкордат для обеих стран. К этому присоединялись и придирки более личного свойства. Принц Жером Бонапарт во время морских кампаний в Америке заключил брак с одной весьма красивой особой честного происхождения, но в возрасте, делавшем брак недействительным; недействительным его делало и отсутствие согласия со стороны родителей. Наполеон желал основать новое королевство Вестфалию, женив принца на германской принцессе, и отказался признавать этот брак, недействительный с точки зрения гражданских и церковных законов и противоречивший его политическим замыслам. Он обратился к Святому престолу с просьбой аннулировать брак, чему папа категорически воспротивился. Наконец, еще более открытым проявлением враждебности стало превращение города Рима в прибежище всех врагов короля Жозефа.
На пути из Тильзита в Париж Наполеон написал принцу Евгению, изложив ему свои претензии и поручив уведомить о них Ватикан, чтобы дать знать папе, что терпение императора Франции, и без того невеликое, на сей раз истощилось и что при необходимости, не посягая на духовную власть понтифика, он без колебаний лишит его мирской власти. Подобными отношениями с римским двором объясняется легкость, с какой Наполеон принял вышеупомянутые меры в отношении части побережья Адриатического моря, состоявшей в ведении Святого престола.