1537 – 1821 годы
Тира и Тирасия захвачены турками. Предшествующая турецкой оккупации борьба венецианцев и османов за остров привела к его опустошению. Не способствовали благополучию и постоянные пиратские набеги. Но позже при османской власти Санторини получил значительные привилегии и местные жители развили высокую коммерческую активность – корабли с острова уходили в том числе в Россию, куда островитяне отправляли вино, а на обратно привозили зерно и древесину. Османы не селились на острове, и местные жители располагали некоторой автономией. Главной их обязанностью была уплата налогов.
Накануне греческой революции 1821 года Санторини располагал одним из крупнейших флотов в Эгейском море. Корабли строили на судостроительных верфях в Ие. Во время революции флот Санторини принимал участие в сражениях с турками.
1830 год – остров вошел во вновь созданное греческое государство.
XIX век – началось активное развитие ремесел, появились ткацкие, вязальные мастерские, мануфактуры по обработке сельскохозяйственных продуктов, в том числе томатов, электрические мельницы, электростанция, в шестидесятые годы начался экспорт тирской земли для строительства Суэцкого канала.
Начало ХХ века – закат эпохи кораблей и невозможность идти в ногу с технической революцией определили экономический закат Санторини. И все же до начала Второй мировой войны большая часть населения занималась судоходством.
9 июля 1956 года – произошло сильное землетрясение, принесшее значительные разрушения в поселениях. Его сила достигала 7,8 баллов по шкале Рихтера. Погибло более пятидесяти человек. Многие жители покинули остров. Осталось около четырехсот человек. Недвижимость распродавали за бесценок.
1970-е годы – после экономического спада произошло новое «открытие» острова, теперь для туризма. С тех пор туризм – основной источник дохода на Санторини. Развивается также и виноделие.
В разное время остров называли Стронгили («круглый»), Каллисти («прекрасный») и Тира (или Фира) – имя, данное в честь спартанского царя и используемое до сих пор. Считается, что соседний остров Тирасия назван в честь дочери спартанского царя.
Также в источниках упоминаются названия Филотера, Тевсия, Калаврия, Фирасон. От турецких завоевателей остров получил название Демерзик – «маленькая мельница», вероятно, из-за распространения водяных мельниц. Считается, что название «Санторини» дано основному острову и архипелагу венецианцами в XIII веке. Происхождение связывают с церковью Святой Ирины (Santa Irini), по одним данным, расположенной в Периссе, по другим – на острове Тирасия. Однако, есть версия, что первым назвал остров «Санторини» мусульманский географ Аль Эдриси в 1154 году, до начала правления венецианцев.