Пайк умер 2 апреля 1891 г. в здании Храма Шотландского Устава в Вашингтоне на восемьдесят третьем году жизни. Он оставил после себя письменное распоряжение относительно своего тела, в котором указывалось, что оно должно быть кремировано, а пепел – зарыт в землю у корней двух акаций, растущих у фронтона здания Верховного Совета; но это распоряжение не было выполнено, и Пайк был похоронен на кладбище Оук Хилл в Вашингтоне. Верховный Совет Южной Юрисдикции установил на территории, специально выделенной ему для этих целей Конгрессом, монумент памяти А. Пайка.
Его жена умерла в 1876 г. Он потерял троих своих детей: один сын был убит, сражаясь на стороне штатов Конфедерации, другой утонул в Арканзасе, третий умер от лихорадки; после его смерти остались еще двое сыновей и дочь.
Опубликованные труды А. Пайка составляют в различных изданиях 16 томов. Неопубликованные рукописи хранятся в библиотеке Верховного Совета Южной Юрисдикции Древнего и Принятого Шотландского Устава в Вашингтоне, округ Колумбия.
Как уже говорилось, главным трудом Пайка является «Мораль и Догма». Это монументальное произведение является основой его титанического труда по оживлению Шотландского Устава в сша и приданию ему нового смысла, однако они далеко не исчерпываются данной работой. Перу Пайка принадлежат обновленные, усовершенствованные и упорядоченные ритуалы всех градусов («литургия»), их наставления («лекции»), уставы и регламенты, административные и правовые уложения и акты.
Во второй половине XIX в. Шотландский Устав, пришедший в сша из Пруссии через Францию, находился в упадке как в плане численности членов, так и в области учения и литургии, довольно эклектичных и маловразумительных. Только Пайку мы обязаны нынешней стройной и всеохватывающей организационной и философской системой этого Устава, включающего в себя практически все лучшее, что может предложить ищущему Света мировая эзотерическая традиция. Предлагая идеологическую основу для духовных исканий посвященного, Пайк разворачивает перед его взором обширную палитру мировых нравственных учений, ни в чем его, тем не менее, не ограничивая, а лишь поощряя к дальнейшему стремлению к Свету. Одновременно предлагается четкая организационная структура, ритуальная практика; Пайком разработаны облачения, ритуальные атрибуты, стройная система знаков и символов. Он предлагает посвященному готовый, если так можно выразиться, «посвятительный продукт», вместе с тем, являющийся не догмой