К 1920 году в структуре ВЧК появился Транспортный отдел (поначалу он именовался Железнодорожным отделом ввиду важности безопасности именно на железных дорогах Советской республики). Первым начальником транспортных чекистов был Жуков, затем его периодически и очень быстро сменяли Фомин, Чугурин, Слюсарев, Ковылкин, Зимин, Ганецкий. Последний из них, Ганецкий, был очень заметным и сейчас почти забытым функционером ленинской РКП(б) (настоящая его фамилия Фюрстенберг), он имел запутанную биографию и в ленинской части РСДРП был своего рода казначеем, именно через Ганецкого-Фюрстенберга шли тайные переговоры ленинцев с Парвусом и германской разведкой до 1917 года. После Ганецкого в 1920 году во главе транспортного отдела ВЧК, а позднее ГПУ, на два десятка лет утвердился Благонравов, которому очень доверял Дзержинский, до того Благонравов возглавлял транспортный отдел в Петроградской ЧК.
Также не сразу были созданы особые войсковые части ВЧК и ее первый спецназ. Сначала это был особый боевой отряд ЧК под началом Попова, большую часть которого составляли в начале 1918 года не слишком партийные матросы и чекисты-эсеры, включая самого Попова. После подавления эсеровского мятежа летом 1918 года и расформирования этого почти не управляемого Дзержинским отряда на его месте создан ОСНАЗ – первый в советской истории отряд спецназа при госбезопасности. Затем в условиях Гражданской войны этот отряд обрастал войсковыми частями с тяжелым вооружением, пулеметами, артиллерией, при нем даже появился отряд бронепоездов имени Якова Свердлова. Появились уже не отряды, а крупные войсковые части при ВЧК (ВНУС, ВОХР, ЧОН и т. д.). В годы Гражданской войны эти отряды часто собирательно назывались «войска ВЧК». Только в период 1919–1920 годов их официально называли частями внутренней охраны (ВОХР), это совсем не те полугражданские стрелки «военизированной охраны», которые мы сейчас зовем «вохрой» и которая к госбезопасности отношения уже не имеет. Части ВНУС непосредственно в структуру ВЧК не входили, подчиняясь Наркомату внутренних дел, и были первыми внутренними войсками Советского государства. Сами подчиненные впрямую Лубянке войска ВЧК (они же ВОХР) тоже очень редко использовались напрямую в боях Гражданской войны, в основном там, где была критическая ситуация и под рукой не имелось других полностью надежных частей: в 1919 году при прорыве белых казаков Мамонтова на Орел и Тамбов, осенью того же 1919 года при прорыве армии генерала Юденича под стены красного Петрограда.