Типикон Константина Мономаха не заменял Типикон Цимисхия, но дополнял и ужесточал его. Патриарх Николай III Грамматик издал указ об удалении пастухов – влахов с Афона, об изгнании со Святой Горы безбородых и евнухов. На Афоне распространились подложные грамоты и анафемы, произведенные якобы патриархом. Жалобы от некоторых иноков на патриарха достигли императора. Последовал, после разборки, приказ о безусловном подчинении Афона императору.
Это было уже при начале византийской власти Комнинов, при императоре Алексии, положившем курс на сближение церкви и престола. Монахам было приказано вернуться на Афон.
Афон расширялся и количеством монахов, и числом зданий, и укреплялся молитвенным духом. Но наступили тяжкие времена нашествия на монахов приспешников Ватикана – латинян.
1204 год. Это год тяжелейший для Православия. Впавший во вселенскую гордыню Ватикан начинал учить жить только по его установкам. Константинополь был захвачен, разграблен, подчинен католичеству. Византийская империя была разделена на королевства, а религиозная жизнь попала под регламентацию католиков. Святая Гора оказалась в Фессалоникийском королевстве, и во власти католического титулярного Самарийско-Севастийского епископа. Тогдашнее время – разгул грабежей якобы цивилизованных крестоносцев, якобы освободителей Гроба Господня от турок. Справедливости ради надо сказать, что, когда безчинства латинян достигли огромного размаха, когда вблизи Афона был построен разбойничий замок Франкокастро, монахов защитил папа Иннокентий III. Он в ответ на жалобу афонцев осудил в своем послании (1213 г.) безчинства «врагов Бога и Церкви». Более того, он гарантировал монахам сохранение тех привилегий, которые были даны византийскими императорами. Помогали Афону и тогдашние православные правители Болгарии и России.
Восстановление Византийской империи (1261 г.) значительно облегчило участь Афона. Но ненадолго. Император Михаил Палеолог наивно рассчитывал получить выгоды от сближения с Западом. Церковная уния Лионского собора (1274 г.) обязывала поминать императора-униата, а это не могли принять монахи – хранители благочестия.
Михаил явился на Святую Гору лично. Убеждал монахов в правильности унии. Но монахи Великой Лавры, Ватопеда, Ксенофонта, Ивериона, Зографа стояли насмерть. Предание говорит о жестокости Михаила по отношению к непокорным.