Очень быстро Гизы сумели настроить против себя двор и армию. Пытаясь восстановить государственные финансы, подорванные многочисленными войнами, они прекратили выплату пенсий придворным и жалования солдатам, чем спровоцировали недовольство тех и других. Кроме того, продолжая начатые Генрихом II религиозные репрессии, Гизы вызвали к себе ненависть гугенотов.
В начале 1660 г. дворяне-протестанты составили заговор, имевший целью отстранить Гизов от власти. И хотя никто из видных аристократов непосредственно в число заговорщиков не входил, те действовали с ведома и одобрения принца Людовика Конде, родного брата короля Наварры Антуана Бурбона. В марте, когда двор находился в замке Амбуаз, Гизы узнали о заговоре и жестоко расправились с его участниками. Устроенная в Амбуазе бойня получила широкий резонанс в стране. Начались волнения гугенотов.
Репрессивная политика Гизов вызвала противодействие также со стороны королевы-матери Екатерины Медичи, обеспокоенной обострением межконфессиональных противоречий. Под ее влиянием Франциск II издал в мае 1560 г. Роморантенский эдикт, положивший конец религиозным репрессиям. Протестантам была дарована свобода совести, хотя и запрещено публичное отправление культа.
При поддержке Екатерины Медичи пост канцлера занял умеренный и осторожный политик Мишель Лопиталь. Видный правовед, приверженец гуманистических идей Эразма Роттердамского, он считал, что религиозные споры необходимо решать силой разума, а не оружия. В августе 1560 г. он на собрании нотаблей попытался примирить враждующие стороны, однако его призыв к компромиссу не встретил понимания ни у одной из них.
Волнения гугенотов не только не прекратились, но и вылились в массовое иконоборческое движение. Считая почитание изображений Христа и святых проявлением язычества, протестанты врывались в католические храмы и уничтожали иконы и статуи. Видя, что увещевания не действуют на гугенотских вождей, правительство приказало арестовать принца Конде за соучастие в Амбуазском заговоре. Суд вынес ему смертный приговор. Но смерть Франциска II, последовавшая 5 декабря 1560 г., помешала привести приговор в исполнение.
Покойного монарха сменил на троне его 10-летний брат Карл IX. Регентские права и реальную власть получила королева-мать Екатерина Медичи. Воспитанная на идеях итальянских гуманистов, она достаточно гибко подходила к вопросам религии, руководствуясь, прежде всего, соображениями государственной выгоды, которая побуждала ее стремиться к разрешению межконфессионального конфликта путем компромисса. Екатерина покончила с прежним всевластием фанатично настроенных Гизов и в противовес им приблизила к трону Антуана Бурбона, назначив его наместником королевства. Принц Конде был освобожден из тюрьмы.