По вопросу о религии он указывает на волю их отца, деспота Фомы, который просил воспитать детей в лоне западной церкви, а потому они должны жить и одеваться, как «латины», посещать латинскую церковь и вести себя смиренно и покорно перед папой. У вас будет все, заключает Виссарион, если вы станете подражать латинам; в противном случае вы не получите ничего. Зоя вполне подчинилась этому требованию и с того времени жила в Риме и называлась на официальном языке возлюбленной дочерью римской церкви, питомицей апостольского престола.
Существует еще одно обстоятельство, весьма определенно указывающее на конфессиональную принадлежность Зои Палеолог. Как известно, в Москве византийскую принцессу стали называть Софьей. Вызывает удивление и сам этот факт, и индифферентное отношение к нему исследователей. Что за странная и дерзновенная прихоть?! При таинстве крещения ребенок нарекается в честь кого-либо из святых угодников Божиих, который считается небесным покровителем человека, к которому он будет прибегать за молитвенной помощью в течение всей своей жизни. Следовательно, при смене имени человек пренебрегает еще и своим святым, в честь которого он назван.
Православный человек и тогда, и сейчас может изменить имя в трех случаях: при крещении, при постриге и при принятии схимы. Наша героиня ни монашкой, ни схимницей не была. Значит, Зою в Москве накануне венчания окрестили Софьей – очевидно, в честь бабки великого князя Софьи Витовтовны. Значит ли это, что Зоя была католичкой? У нас нет достаточных оснований, чтобы делать столь категоричный вывод. На Руси бытовал обычай перемены имени невесты при венчании. Можно вспомнить, что княжна Екатерина Буйносова-Ростовская, на которой женился царь Василий Шуйский, получила в царицах имя Мария, а девица Мария Хлопова, взятая на царский двор в качестве невесты для царя Михаила Федоровича, была переименована в Анастасию (возможно, в память царицы Анастасии Романовой), когда же брак не состоялся, она снова стала Марией.
И все-таки эти случаи хотя и отстоят от брака Деспины и Ивана III «всего» на сотню с лишним лет, но относятся к другой исторической эпохе, насыщенной многоликим самозванчеством, да и невесты не относились к императорской династии. Более традиционным, характерным для середины XV века стоит признать иное отношение к перемене имени: если бы дочь деспота Фомы крестили по православному обряду и в святом крещении ей было дано имя Зоя, то москвичи вряд ли замыслили называть ее по-другому.