Неудивительно, что отношения пасынка с мачехой оставляли желать лучшего, и на этой почве у взрослеющего наследника возникали недоразумения с отцом. Контарини, побывавший в Москве в конце 1476 года, отмечал, что Иван Молодой находится «в немилости у отца, так как нехорошо ведет себя с Деспиной». Очевидно, в первые годы супружества Иван Васильевич благоволил Софье Палеолог; его раздражало непочтительное отношение к ней старшего сына. Тем не менее до поры до времени статусу будущего правителя государства ничего не угрожало. Ситуация изменилась в 1479 году, когда у Софьи родился мальчик, потомок византийских императоров.
В Шумиловском списке Никоновской летописи содержится рассказ «О чюдесном зачатии и рождении великого князя Василия Ивановича», в котором говорится о том, что Софья родила «три дочери изрядны, сына же тогда не успе роди не единаго». Летописец сообщает, что супруги «о сем скорбь имяху и Бога моляху, дабы даровал имъ сынове родити в наследие царству своему, еже и получиша». Странно, что Иван Васильевич переживает об отсутствии наследника, который у него в то время уже имелся – очевидно, это вставка более позднего периода, а вот чувства Софьи волне понятны.
Как справедливо замечает С.М. Каштанов, «второй брак Ивана III с самого начала таил в себе смертельную опасность для Ивана Молодого, так как рано или поздно должна была возникнуть борьба за право престолонаследия между ним и сыном Софьи. Палеологи не могли не хотеть избавиться от Ивана Молодого при жизни Ивана III, когда сын Марии Борисовны не имел еще основания занять престол». Но сын этот появился только в 1479 году. В это самое время, по выражению Л.В. Черепнина, оппозиционные элементы «завязали какие-то отношения с Софьей Палеолог». Нам предстоит найти ответ на вопросы: что за оппозиционные элементы в верхушке страны противостояли режиму Ивана III и какие отношения их связывали с Софьей Палеолог.
В описываемую эпоху в политической элите Московского государства происходили серьезные подвижки. С половины XV столетия состав московского боярства глубоко изменяется: из 200 родовитых фамилий конца XVI века более 150-ти вошли в состав московского боярства именно с середины XV века. В течение двух-трех десятилетий московская элита обновилась более чем на три четверти. «Служилое князье если не задавило, то закрыло старый слой московского нетитулованного дворянства», – резюмирует В.О. Ключевский.