Быть может, это неполное сочувствие Стефана деятельности Петра раздражало Петра еще больше, чем молчаливое неодобрение Адриана. Адриана, человека неглубокого образования, можно было обвинить в рутине, тогда как Стефан был человек больших дарований, большого ума, глубокого европейского образования, человек выдающийся, блестящий, но вместе – человек, знавший во всем меру, чего так не хватало во всю жизнь Петру. И к концу жизни Стефана местоблюститель патриаршего престола и вознесший его по собственному выбору царь совершенно, кажется, не понимали друг друга.
Царь находил, что Стефан недостаточно деятелен, и обвинял его в распущенности духовенства, во множестве празднобродящих попов и монахов, в существовании кликуш и юродивых, встречавшихся весьма часто, во множестве вымышленных чудес и ложно объявляемых мощах: все это, ложное или истинное, равно, кажется, не нравилось Петру, тогда как все проявления древнего праотеческого благочестия были дороги Стефану, и он относился к ним, прежде чем гнать их, без предубеждения, исключающего всякую возможность спокойной критики, беспристрастного испытания.
Хотя при учреждении Священного Синода Стефан был назначен президентом его, многие синодальные распоряжения того времени – отмененные впоследствии, как вредные для Церкви, – шли вразрез со взглядами Стефана. Больной телом, угнетенный духом, он мог оказывать лишь слабое сопротивление веянию нового духа.
Он подавал протесты против новых порядков, которые хотел завести царь в духовной жизни русского народа. Но эти протесты обрушивались на его же усталую голову, навлекая на него гнев Государя и вражду товарищей. Он был в открытой вражде с самым сильным в то время духовным лицом носителем взглядов Петра со всеми их заблуждениями Феофаном Прокоповичем, столь справедливо обвиняемым в протестантизме. Не раз, когда Петр уже избегал свиданий с ним, Стефану приходилось оправдываться пред Государем письмами.
Видя недовольство Государя, вражду к себе членов Синода, с которыми он так не сходился взглядами, Стефан счел за лучшее удалиться из Петербурга. Не добившись объяснения с Петром, Стефан написал ему пространное письмо, помеченное 27 июля 1722 года и подписанное: «Смиренный Стефан, пастушок Рязанский».
Он скончался через четыре месяца после этого письма, оставляя свободное поле действий человеку, противоположному с ним во всем, кроме любви к просвещению, – Феофану Прокоповичу.