Софью Дмитриевну и её детей доставили в Москву, как и самого Пугачёва, и подвергли пристрастному допросу, устроили две очных ставки с главным бунтовщиком. А потом Софье Дмитриевне и её детям, как и Устинье Кузнецовой, предстоял неблизкий путь от Москвы до Выборга. Сюда они прибыли 24 января 1775 года. Но о казни Пугачёва узнали позже.
Главную башню крепости, где содержались «государственные преступники», за глаза называли «пугачёвской». Но жены Пугачёва именовались из конспирации по-другому. Их не коснулась ни одна амнистия. Ни при Екатерине II, ни при Павле I, ни при Алекандре I.
Последняя такая амнистия была объявлена 15 мая 1802 года. Но жены Пугачева и его дети попали в «Реестр тем людям, коих комиссия полагает оставить в настоящем их положении». И надзор за узницами и сыном Пугачева был, наоборот, усилен. И Софья Дмитриевна, и Устинья Кузнецова умерли в Кегсольме, так и не дождавшись освобождения.
Екатерина II прекрасно знала, в каких условиях содержатся жены Пугачева. «Вот уже четырнадцать лет, как первая жена Пугачева Софья и трое ее детей вместе со второй женой Устиньей сидят в Кексгольмскомкрепостном заточении, – писала она в своём дневнике. – Не слишком ли это много для людей ни в чем не повинных? Пусть. Дочери Пугачеёва выросли, им уже около 20 лет, и старшей и младшей. Тюремные надзиратели, по слухам, учиняют над ними непристойные прелюбодейства. Да и вторая жена Пугачёва еще молодая женщина, ей только 30 лет. Над ней тоже насильствуют тюремщики. Пусть. Но справедливо ли, что безграмотные зимовейские казачки, не обладающие идеями, томятся и терпят жестокую нужду и лишения в Кексгольмской крепости? За что? Ах, какое мне дело до справедливости! Против меня восстал самозванец, этот маркиз Пугачёв, грозивший постричь меня в монастырь, покушавшийся на мой престол. Так пусть же его темные неграмотные жены умирают в тюрьме, за каменными стенами. Мне нет до них никакого дела!» (Дневник императрицы. Екатерина II. Москва, издательство «Рипол-классик», 2013).
То, что такие насилия совершались, подтверждено документально. В рапорте поверенного Павла I графа де Мендоза Ботелло говорится: «девка Аграфена имеет рожденного у себя сына, которого прижила через насилие от бывшего коменданта полковника Гофмана» (фонды музея «Корелы»).