В Тайной экспедиции все дело свелось к вопросу, говорил ли владыка Иоанникий, что Павел I «немилостивый» или не говорил. Так, в отзыве Министерства Юстиции под заглавием «О доносе на епископа Иоанникия» суть дела сводится к следующему экстракту: «Епископ <…> непристойным образом якобы рассуждал о оказываемых от Его Императорского Величества милостях, которые состояли в том, что та умерла, кая была милостива, а он уже не милостивый». Более ни о чем в справке по делу епископа Иоанникия, предоставленной Министерством в Комиссию по разбору прежних уголовных дел, не говорится. О потерянных двадцати тысячах речи нет.
«Русский биографический словарь» А.А. Половцова отмечает, что «на долю Иоанникия выпала забота по искоренению унии и укреплению в вере воссоединившихся с Православной Церковью» в Подолии[5] и что «о нем осталась слава как о покровителе сирых и вдов».
Между тем, как удалось выяснить, часть денег действительно пропала. В 1794 году Высочайшим указом на содержание духовенства, обращающего униатов, было отпущено 20 000 рублей в общее распоряжение епископа Виктора (предшественника Иоанникия) и Черниговского генерал-губернатора. А в Указе Святейшего Синода от 17 декабря 1800 года говорится, что 7000 рублей из этой суммы «затерялись» и найти их не представляется возможным.
Доказать слова Иоанникия отец Трофим не смог. Один из его свидетелей дал показания, согласные с архиереем, а другой – «протопоп Малявка, хотя при том разговоре был, от недостатка в слухе говоренных речей понять не мог», и священника осудили.
Поражают миссионерские труды отца Трофима Куцинского («присоединил к православию до 200 000 мужеского пола душ и 350 церквей устроил») и жесткость Святейшего Синода: «Лишить священства вовсе и представить рассмотрению Гражданского Правительства для определения куда годным явиться». Иными словами, бывшего священника могли, наказав кнутом или батогами, отправить в рудники, вечные работы в Сибирь или в солдаты. Только благодаря «немилостивому» Императору Павлу I с отца Куцинского не был снят сан, и через полтора года он был освобожден из заключения в монастыре. Содержание в монастырских тюрьмах было порой страшнее, чем в казенных.
Интересно и другое наказание от Святейшего Синода – определение «к беднейшему приходу» – то есть к голоду вместе с семьей