Запретив Потапову вмешиваться во внутренние дела войска, коллегия возлагала это на наказного атамана. И хотя указом Правительствующего сената и велено в выборе атамана «поступать по данным им грамотам и указам непременно», но вследствие несогласий, в каких находились между собой многие старшины, сотники и казаки, Потапову приказано было от Военной коллегии[20] выбрать из Оренбургского войска исправного старшину и определить его наказным атаманом.
Этим последним решением коллегии депутаты были обижены и от имени войска просили дозволить им самим выбрать атамана. «Из приложенной челобитной, – писала императрица князю Трубецкому[21], – усмотрела я, что яицкие казаки недовольны тем командиром, который им от Военной коллегии дан, и представляют, что то учинено против их привилегий и в противность сенатского определения, которым определено выбрать им наказного атамана из их общества. Того ради изволь о том справиться, и если то подлинно учинено против их привилегий и им принадлежит выбор командира, то дайте им по воле выбрать кого захотят».
Желание императрицы не было исполнено вполне, и Потапов, прибыв в Яицкий городок, признал необходимым временно удалить от дел атамана Бородина и его помощников: старшин Ивана Митрясова и Андрея Мостовщикова. Для временного управления войском он избрал есаула Оренбургского войска Углецкого, которому поручил исправлять должность атамана, и в помощь ему назначил дьяка Суетина и старшину Алексея Митрясова. Вместе с тем генерал-майор Потапов, собрав казачий круг, приказал выбрать от войска 40 человек поверенных, которые бы могли доказать виновность старшин. Познакомившись с положением дел, путем расспросов обеих сторон и поверкой книг и денежных расходов, Потапов признал, что казаки войсковой партии правы и что нет никакой возможности оправдать атамана и старшин. Представив свое заключение на утверждение Военной коллегии и прося о смене должностных лиц, Потапов спрашивал войско: кого пожелает оно иметь своим атаманом – Суетина или Митрясова? Тогда Логинов и Копеечкин от имени войска заявили, что атаман им не надобен, а просят только определить в присутствие с войсковой стороны казака Осипа Федорова, племянника Логинова, надеясь, что он не изменит войску и будет следить за старшинами Суетиным и Митрясовым. Зная Федорова как человека молодого и опасаясь, чтоб он не внес еще больших раздоров, Потапов долгое время не соглашался и уступил только неоднократным и усиленным просьбам казаков. Определив Федорова в войсковое присутствие и отъезжая в Петербург, Потапов говорил казакам, что до решения Военной коллегии он оставляет им вместо атамана премьер-майора Казанского драгунского полка Романа Новокрещенова, присланного с командой в Яицкий городок для производства переписи. Новокрещенов тотчас же сошелся с прежними и новыми старшинами, в том числе и с Федоровым, надеявшимся при содействии майора сделаться атаманом. Отделившись от выбравшей его войсковой стороны и не слушая советов дяди своего Логинова, Федоров соединился с Суетиным и Митрясовым и вместе с ними, под покровительством майора Новокрещенова, стал делать войску разные мелочные притеснения.