Последующее десятилетие ознаменовалось ростом числа новообращенных, к тому же в 1590 году из Европы вернулось упомянутое нами выше японское посольство и с ним – Алессандро Валиньяно и еще 17 миссионеров-иезуитов. В результате переговоров с Хидэёси миссия фактически продолжила работу.
Впрочем, позиции португальских иезуитов в Японии несколько подорвал тот факт, что Португалия во второй половине XVI века переживала не лучшие времена – в 1578 году в битве с марокканцами при Алькасерквивире погиб молодой король Себастьян I (ставший после смерти героем настоящей легенды, похожей на историю о грядущем возвращении короля Артура или Фридриха Барбароссы) – погиб, возможно, сжимая в руках самурайский меч, подаренный ему в 1562 году одним японским князем-христианином с Кюсю. После гибели короля и армии Португалия вскоре была присоединена к Испании, чей монарх заявил о своих правах на португальский трон и на огромную Португальскую колониальную империю. По договору 1580 года, заключенному при посредничестве Папы Римского, страны объединялись под скипетром испанского короля Филиппа II, но при этом португальские колониальные владения и торговые фактории имели и в дальнейшем свою собственную систему управления и администрацию, а за португальскими монахами-иезуитами сохранялось монопольное право на проповедническую деятельность на Дальнем Востоке. Такие же монопольные права имели в этом регионе и португальские торговцы. В 1585 году папа торжественно подтвердил основные пункты этого договора. Впрочем, испанские власти вскоре продемонстрировали свое нежелание мириться с такими невыгодными для великой империи Габсбургов условиями. Первый шаг сделали местные колониальные власти испанского форпоста на Тихом океане – Филиппинских островов, всячески поддерживаемые и направляемые монахами францисканского ордена (главными конкурентами иезуитов), доминиканцами, августинцами и местными купцами. Несмотря на все усилия Валиньяно, стремившегося не допустить испанских францисканцев в Японию, они все же прибыли сюда в 1593 году, заявив, что являются послами испанского короля и не собираются вести проповеднической деятельности. На самом же деле они быстро построили церковь в Киото и монастырь в Осака. Горячие протесты иезуитов ничего не дали – наоборот, в 1608 году Папа Римский официально отменил запрет представителям других орденов заниматься проповедничеством в Японии, после чего сюда хлынули испанские монахи, в основном францисканцы. Отношения между ними и иезуитами резко обострились.