Когда корни достигнут дна, растение вынимают, устанавливают на камень, который кладут в плоский сосуд и обкладывают грунтом.
Посадка бонсай в углубление в камне – исидзуки, «корни на скале». Для посадки понадобится красивый камень с большим углублением. Камень помещают в сосуд таким образом, чтобы углубление оказалось сбоку, что придаст композиции интересный асимметричный вид. Если углублений несколько, то камень кладут так, чтобы растения оказались в передней части композиции. Этот тип посадки предусматривает вживление корней растения непосредственно в «скалу», при этом в качестве «скалы» подбирают камень с удобными углублениями и ложбинами, способными удержать корни дерева и количество почвы, достаточное для питания. При необходимости углубления можно увеличить при помощи долота, но только так, чтобы не разрушить впечатление естественности. В углублении иногда дополнительно приклеивают проволочные петли, к которым впоследствии будет крепиться растение.
Дереву придают форму. Корни растения обрезают до размеров углубления, удаляют стержневой корень (если такой имелся), подрезают тонкие корни и помещают в почвенную смесь, заполняющую ложбину или углубление камня. Растение крепят к проволочным петлям. Углубление полностью заполняют грунтом. Затем корни дополнительно засыпают землей. Сверху на грунт укладывают слой длинноволокнистого торфа, чтобы предотвратить вымывание почвы при поливе. Торф незаметно фиксируют проволочными скобами. И посаженное таким образом растение прирастает к «скале». Почву тщательно поливают с помощью тонкоструйной лейки, одновременно промывают и листья растения.
Камень с растением кладут в плоский сосуд. Сосуд можно наполнить водой, что создаст впечатление мини-озера и, кроме того, повысит влажность воздуха.
Растение в камне не пересаживают. Ежегодно верхние слои старого грунта в углублении камня заменяют свежим грунтом. Поливают посадку очень осторожно.
Подсадка на почву травы и мха
Окончательно картину бонсай довершают сопутствующие вспомогательные материалы в виде камней и мха или травы. Чтобы почва под бонсай выглядела естественной, к растению нередко подсаживают мох или траву. И здесь немалое значение имеют индивидуальный талант и видение художника. Соразмерные с габаритами дерева вспомогательные материалы заполняют пространство или создают определенное настроение, отражают те или иные мотивы в задуманном ландшафте. Использование мха дает эффект большей естественности.