29 марта 1918 г. было заключено соглашение Совнаркома и ЧНС, в соответствии с которым чехи и словаки в качестве гражданских лиц будут переправлены в Европу. Короткий путь лежал через Архангельск, но он был занят британцами, которые могли использовать корпус в своих целях в России. Решили, что корпус выпустят через Владивосток. Он должен был быть частично разоружен (в эшелонах разрешалось иметь по винтовке на десять человек и один пулемет на сто для самообороны). Но легионеры оставили больше оружия, чем им было разрешено.
Движение корпуса шло медленно, большевики стремились сагитировать как можно больше чехов и словаков для службы в интернациональных отрядах красных. Но более успешной была пропаганда эсеров, поскольку кооперативное движение, где они доминировали, помогало кормить легионеров.
17 мая на станции в Челябинске произошли столкновения между красными венграми и солдатами чехословацкого корпуса. Столкновению способствовала национальная неприязнь, корни которой лежали в устройстве Австро-Венгрии, где Словакия входила в состав Венгрии. Ответственность за столкновение советские власти возложили на «чехословаков». Те в ответ захватили арсенал, чтобы лучше вооружиться. Местному совету пришлось освободить арестованных.
По свежим следам столкновения в Челябинске здесь собралось совещание представителей эшелонов и Национального совета. 20 мая было решено пробиваться на восток, даже если большевики попробуют остановить корпус.
Теперь большевистское руководство воспринимало вооруженных чехов и словаков как угрозу. Началась интервенция на Дальнем Востоке, так что теперь корпус и там мог быть использован для войны против красных. Было решено блокировать и полностью разоружить корпус. Чехи и словаки были готовы оказать сопротивление. 25-26 мая попытки блокировать и разоружать легионеров вызвали цепную реакцию восстания.
К «чехословакам» присоединились боевые дружины эсеров. Красные были отброшены до Казани. Удары по ним сопровождались расстрелами сотен коммунистов на местах (после установления власти эсеров эта вспышка террора прекратилась). Но в целом планы эсеров были сорваны. Крестьяне Поволжья не успели достаточно вкусить продовольственной диктатуры. Это произойдет в 1919 г., и тогда более 100 тысяч крестьян Поволжья поднимутся против коммунистов. А в мае 1918 г. крестьяне были еще относительно равнодушны к вооруженной борьбе эсеров и коммунистов. Член ЦК ПСР Е. Тимофеев утверждал: «Выступление чехословаков, которое утвердило нашу власть, оно фактически ослабило развитие нашего удара, и выступление вышло скороспелым».