Ворошилов (в то время он совмещал должности наркома внутренних дел УССР и командующего 2-й армией), получив приказ от Троцкого о ликвидации махновцев, приказал Махно и членам его штаба прибыть на ст. Гайчур для переговоров о реорганизации войсковых частей. Махно, смекнув, что готовится расправа, сбежал прямо из вагона Ворошилова, застрелив охранника. Часть махновской делегации не успела покинуть ст. Гайчур, была арестована и под охраной отправлена в Харьков, где их сразу же расстреляли. Среди арестованных и казненных были начальник штаба Озеров, заместители начальника штаба, командир полка, адъютант штаба, члены махновского совета. Троцкий в своем приказе от 18 июня 1919 года подтвердил казнь махновских командиров штаба Махно. Отряд ЧК особого назначения и дивизион под общим командованием комбрига К. Медведева отличались особенной жестокостью по отношению к махновцам. Этот отряд арестовал около тысячи махновцев, часть из которых была расстреляна.
Некоторые командиры предложили Махно отказаться от сопротивления красным, но большая часть собрания считала, что Махно должен выступить против красных. Махно решил уйти с должности советского командующего и предоставить дивизии возможность воевать против белогвардейцев, защищая «свободный район». Временно командование сосредоточилось в руках В. Белаша – начальника штаба. Несколько махновских полков и командиров выразили желание идти за батькой, но Махно приказал им оставаться на фронте – «до особого распоряжения». Получив вести о расстреле махновцев-штабистов в Харькове, батько изменил свое решение. Он уже думал о мести. Нестор успел напечатать несколько тысяч листовок под названием «Где власть – там нет свободы!». В листовках он предупреждал, что за каждого расстрелянного махновца будут казнены «десятки красных палачей». Смертный приговор был вынесен Троцкому и Пятакову.