Провал июньского наступления привел к общероссийскому кризису, заставил Временное правительство мыслить более реалистично. В конце июня в Киев для урегулирования отношений с Центральной Радой прибыли министры Временного правительства. Во время переговоров Петлюра предложил Керенскому провести украинизацию всех тыловых частей в Украине и перевести солдат-украинцев с других фронтов на Юго-Западный и Румынский фронты. Керенский требовал не торопиться с украинизацией, не хотел он слышать и о придании Генеральному комитету прерогатив официального военного органа. «Умолить» его удалось только на согласие комплектовать новые запасные части путем добровольного набора из украинцев. Керенский, согласившись с идеей автономии «в принципе», призвал Центральную Раду отложить решение об автономии до созыва Всероссийского Учредительного собрания.
3 июля Центральная Рада издала II универсал, в котором отступила от своих радикальных требований автономии. Было решено, как и требовал Керенский, воздержаться от провозглашения автономии Украины до Учредительного собрания. На эти уступки Центральная Рада пошла в обмен на признание Временным правительством временного краевого правительства Украины – Генерального секретариата.
В тот же день 3 июля на заседании Малой Рады Симон Петлюра огласил свой первый приказ в качестве законного военного министра о немедленной отправке на фронт украинизированного полка имени Богдана Хмельницкого (2600 штыков). Но полк отказался идти на фронт, а солдаты заявили, что желают «защищать революцию – охранять Центральную Раду». Такое поведение единственного украинского полка ставило под сомнение саму идею украинизировать армию.
Этим кризисом стремилась воспользоваться группа Михновского, подняв на бессмысленный бунт второй украинский полк имени гетмана Полуботка (4600 штыков), который также не желал выезжать на фронт, заявляя о своей «миссии» – охране «воли Украины».
С помощью солдат из полков имени Хмельницкого и Полуботка группа Михновского надеялась захватить Киев. В ночь на 5 июля солдаты-«полуботковцы» покинули казармы и устремились в центр города с неясными целями, при этом рассчитывая «изменить ход истории». Мятежники захватили почту, телеграф, интендантские склады, штаб милиции. Но что делать дальше, они не знали… Солдатам обещали, что к восстанию присоединятся украинские части Киева и Центральная Рада. Но даже бойцы полка имени Хмельницкого не поддержали бунтарей и атаковали «полуботковцев», заставив их вернуться в казармы и сложить оружие. Петлюра провел переговоры с представителями бунтарей, в ходе которых солдаты согласились немедленно отправиться на фронт.