Английский купец Джером Горсей был по делам в Ярославле и о том, что происходило по соседству, написал в письме, датированном 10 июня 1591 г.: «Юный князь 9-ти лет, сын прежнего императора и брат нынешнего, был жестоко и изменнически убит. Его горло было перерезано в присутствии его дорогой матери, императрицы. Случились еще многие столь же необыкновенные дела, которые я не осмелюсь описать не столько потому, что это утомительно, сколько из-за того, что это неприятно и опасно».
Почти все пережившие Бориса Годунова свидетели сходились на том, что приказ об убийстве отдал он, а исполнителями стали Битюговские и группа чиновников, присланных из Москвы в Углич.
Так же считали позже и Николай Карамзин, и Александр Пушкин.
Для того чтобы раз и навсегда закрепить эту версию, а заодно предотвратить опасность появления самозванцев, Лжедмитриев, погибший в 1591 г. младенец был канонизирован, объявлен святым Русской Православной церковью.
В знак подтверждения гибели царевича в Углич была направлена специальная комиссия под руководством Филарета (будущего основателя династии Романовых). Могила Дмитрия была вскрыта, при этом по собору якобы распространилось «необычайное благовоние». Мощи царевича обрели нетленными (в гробнице лежал свежий труп ребенка с зажатой в руке горстью орехов). Недоброжелатели, впрочем, распространяли слухи, что Филарет купил у стрельца сына Романа, который был затем убит, а его тело положено в гробницу вместо тела Дмитрия.
Торжественная процессия с мощами двинулась к Москве; она была встречена царем Василием со свитой, а также матерью Дмитрия – инокиней Марфой. Гроб был открыт, однако Марфа, взглянув на тело, не смогла произнести ни слова. Затем к гробу подошел царь Василий Шуйский, опознал царевича и повелел гроб закрыть. Марфа пришла в себя только в Архангельском соборе, где объявила, что в гробу находится ее сын. Немедленно у гроба Дмитрия начали происходить чудеса – исцеления больных. По приказу царя была составлена грамота с описанием чудес Дмитрия Угличского и разослана по городам. В том же 1606 г. Дмитрий был причислен к лику святых.
Однако это не помогло Шуйскому. Ведь самой популярной в народе была не версия несчастного случая и не версия убийства. Множество людей верило: Дмитрия хотели убить, но он спасся.