Приговор, вынесенный выдающемуся итальянскому ученому, стал для Декарта тяжелым ударом. Он писал Мерсенну: «Это меня так поразило, что я почти решился сжечь все мои бумаги или, по крайней мере, никому их не показывать. Не могу представить себе, что итальянец, пользовавшийся даже благосклонностью папы, о чем я слышал, мог быть осужден только за то, что хотел обосновать движение Земли. Я знал, что это критиковалось прежде некоторыми кардиналами, но мне казалось, что с тех пор оно беспрепятственно публично преподавалось даже в Риме». Затем следует чрезвычайно важное признание: «Если это ложно, то ложны также все основания моей философии». Декарт заключает: «Но поскольку я ни за что на свете не хотел бы, чтобы мною было выпущено рассуждение, в котором содержалось хотя бы слово, не одобряемое церковью, я скорее уничтожил бы его, чем позволил ему появиться искалеченным». «Трактат о свете» остался неопубликованным, а полная рукопись сочинения впоследствии была утеряна…
Потрясение, пережитое в 1633 году, оказалось настолько сильным, что вся дальнейшая работа Декарта несла на себе его отпечаток. Биографы нередко упрекают великого ученого в чрезмерной осторожности, так как в протестантской Голландии ему не грозила непосредственная опасность из-за публикации трудов, содержащих осужденные Ватиканом идеи. По-видимому, немалую роль при этом сыграло его беспокойство за судьбу своих работ. Декарт хотел, чтобы они получили распространение не только в Голландии, но и во всех странах Европы, прежде всего – в католической Франции, с учеными кругами которой он был связан теснее всего.
Однако от своей теории Декарт не отказался. Вскоре он начал работать над новым сочинением, в котором, хотя и в несколько иной форме, нашли выражение идеи, излагавшиеся в «Трактате о свете».
Первый опубликованный труд Декарта «Рассуждение о методе, чтобы хорошо направлять свой разум и отыскивать истину в науках» вышел в 1637 году. К нему прилагались трактаты «Диоптрика», «Метеоры» и «Геометрия», сами по себе сыгравшие огромную роль в истории науки.
Книга была написана на французском языке. Отказавшись выпустить ее на латыни – языке науки того времени, Декарт хотел сделать свою теорию доступной широким слоям читающей публики.
В «Рассуждении о методе» Декарт впервые сформулировал концепцию рационализма, на которой в конечном итоге держится вся современная наука. В философском лексиконе понятие «рационализм» имеет два значения: во-первых, разум (а не практический опыт) рассматривается как источник знания; во-вторых, сам процесс познания разумно осмысливается и противопоставляется иррациональному озарению. Декарт является рационалистом в обоих смыслах, рационалистом в квадрате. Он не отрицает познавательных возможностей опыта (писал, что занялся бы опытом, если бы у него были время и деньги), но использовать возможности разума быстрее, дешевле и надежнее.