Не желая, чтобы его сын стал бездельником, Роберт Дарвин предложил Чарлзу сменить профиль и стать священником. С одной стороны, молодому человеку понравилась мысль стать сельским пастырем, однако он «не мог без колебания заявить, что верит во все догматы англиканской церкви», и попросил отца дать ему некоторое время на раздумье. Взвесив все «за» и «против» и ознакомившись с богословской литературой, Дарвин пришел к выводу, что его взгляды ни в чем не противоречат догматам англиканской церкви. В результате он принял предложение отца и решил поступить на богословский факультет Кембриджского университета.
Но и тут без трудностей не обошлось. Для того чтобы получать богословское образование, необходимо было знание латыни и греческого. Не обладавший лингвистическими талантами Чарлз еще в школе плохо справлялся с этими предметами, а за время, проведенное в Эдинбурге, забыл и то немногое, что знал. Теперь Дарвину пришлось наверстывать упущенное с помощью частного репетитора. Поэтому в университет он прибыл не к началу семестра, а после рождественских каникул, в начале 1828 года.
Но переход в Кембридж тоже не принес желанного эффекта. Дарвин писал: «Три года, проведенные мною в Кембридже, были в отношении академических занятий настолько же полностью потрачены впустую, как годы, проведенные в Эдинбурге и в школе». Он снова пропускал занятия, не ходил на лекции, но вполне успешно сдал первый экзамен на степень бакалавра. Экзамен этот был на втором году обучения, и Дарвин готовился к нему весьма основательно. Летом 1828 года Чарлз пытался дополнительно заниматься математикой под руководством частного учителя. Безуспешно! Он так и не осилил азов математической науки, о чем впоследствии глубоко сожалел.
Как и прежде, Дарвин много времени тратил на развлечения. Будучи страстным охотником, он вошел в кружок любителей спорта. Члены кружка немало выпивали, играли в карты – в общем, прожигали жизнь. Лишенный впоследствии из-за болезни возможности предаваться светским развлечениям, Дарвин писал: «Знаю, что я должен стыдиться дней и вечеров, растраченных подобным образом, но некоторые из моих друзей были такие милые люди, а настроение наше бывало таким веселым, что не могу не вспоминать об этих временах с чувством большого удовольствия».