Вскоре также выяснилось, что неопытный мореплаватель Дарвин очень чувствителен к качке. Морская болезнь отравляла его существование на протяжении всего плавания, но особенно тяжело дались молодому ученому первые два месяца путешествия, когда «Бигль» плыл в Бразилию. Тем не менее, несмотря на все свои мучения, Чарлзу ни разу не пришла в голову мысль прервать поездку, хотя он вполне имел такую возможность, а периодические ссоры с Фиц-Роем могли стать благовидным предлогом.
Что касается путешествия, то маршрут экспедиции был таков. Из Девенпорта «Бигль» отправился к восточному побережью Южной Америки. По пути он сделал остановки у островов Зеленого Мыса и скал Св. Павла. 28 января 1833 года путешественники прибыли в южноамериканский порт Баия, где начались работы по картографированию, длившиеся до мая 1834-го. За это время Дарвин совершил несколько сухопутных поездок по Аргентине и Уругваю. Далее экспедиция приступила к картографированию западного побережья Южной Америки, а Дарвин путешествовал по Чили и совершил переход через Кордильеры. Осенью 1835 года, покинув берега Южной Америки, «Бигль» отправился к Галапагосскому архипелагу, а затем к островам Товарищества[3]. Оттуда экспедиция двинулась в Новую Зеландию и Австралию, куда «Бигль» прибыл в середине января 1836-го. Здесь Чарлз опять смог совершить сухопутную вылазку. Затем «Бигль» посетил Тасманию, Кокосовые острова, остров Маврикий и, пройдя близ южного берега Мадагаскара, сделал остановку в бухте Симонса у мыса Доброй Надежды. После этого корабль, доплыв до островов Св. Елены и Вознесения, вновь взял курс к побережью Бразилии. 1 августа 1836 года «Бигль» вошел в порт Баия, завершив тем самым кругосветное путешествие. Отсюда путь судна лежал домой, в Британию. 2 октября путешествие было закончено.
Экспедиция полностью изменила Чарлза. Из легкомысленного прожигателя жизни он превратился в увлеченного исследователя, ученого, готового отдать все свои силы науке. Вот как сам Дарвин оценивает изменения, произошедшие в его интересах и характере за время кругосветного плавания: «Путешествие на «Бигле» было самым значительным событием моей жизни, определившим весь мой дальнейший жизненный путь <…> Я всегда считал, что именно путешествию я обязан первым подлинным дисциплинированием, т. е. воспитанием моего ума; я был поставлен перед необходимостью вплотную заняться несколькими разделами естественной истории, и благодаря этому мои способности к наблюдению усовершенствовались… Постепенно любовь к науке возобладала во мне над всеми остальными склонностями… Я обнаружил, правда, бессознательно и постепенно, что удовольствие, доставляемое наблюдением и работой мысли, несравненно выше того, которое доставляют какое-либо техническое умение или спорт. Первобытные инстинкты дикаря постепенно уступали во мне место приобретенным вкусам цивилизованного человека».