Кузнецов выступил против смены командования перед штурмом главной базы; он считал, что только командующий флотом способен руководить обороной Севастополя, и послал соответствующую телеграмму в Генеральный штаб. Б.М. Шапошников согласился с ним. 7 ноября завизированный им и Кузнецовым проект директивы был подписан Сталиным и направлен на имя Левченко. В соответствии с директивой Левченко следовало оставаться в Керчи, а руководство обороной Севастополем возлагали на Ф.С. Октябрьского, которому следовало иметь в Туапсе начальника штаба флота. Главной задачей флота стала активная оборона Севастополя и Керченского полуострова, чтобы связать силы неприятеля и не позволить ему переправить войска на Таманский полуостров. Старым крейсерам и эсминцам следовало действовать под Севастополем и в Феодосийском заливе для поддержки сухопутных войск. В помощь армии было разрешено использовать линкор, новые крейсера и Азовскую флотилию. Большую часть авиации следовало перевести на аэродромы Северо-Кавказского военного округа и действовать с них по целям в Крыму. Предстояло эвакуировать из Севастополя и Керчи все лишнее для обороны. Сам нарком ВМФ 7 ноября послал телеграмму Военному совету Черноморского флота с призывом защищать упорно главную базу флота[59].
В своих воспоминаниях Н.Г. Кузнецов особо остановился на боязни командующих различными флотами потерять дорогостоящие корабли. В результате такой боязни противник получал преимущество, активно используя свои силы. Потому Николай Герасимович считал вполне правильным рисковать линкором и крейсерами для обороны Севастополя, тогда важнейшей задачи. Разумеется, следовало использовать их разумно. Крейсер «Червона Украина» погиб от налета германской авиации после того, как несколько дней стоял на одном месте в бухте, тогда как другие корабли, появлявшиеся в Севастополе для обстрела и сразу уходившие в море, не получали заметных повреждений от действия авиации. Кузнецов писал: «…Мне представлялось правильным артиллерийские корабли уводить в последнюю очередь, хотя их и могла уничтожить авиация противника. Впоследствии, когда военные годы остались позади и оборона Севастополя стала историей, а опытом уже было проверено, как в свое время нужна была корабельная артиллерия для защиты побережья Кавказа, приходилось выслушивать по этому поводу критику в свой адрес. Но я и теперь считаю, что действовал правильно»