У Беломорской военной флотилии, существовавшей с 15 августа 1941 по 15 апреля 1945 года, также было несколько командующих: М.М. Долинин (15 августа – 7 октября 1941 года), Г.А. Степанов (7 октября 1941 – 6 марта 1943 года), С.Г. Кучеров (11 марта 1943 – 30 августа 1944 года), Ю.А. Пантелеев (30 августа 1944 – 15 апреля 1945 года).
Волжская военная флотилия существовала с октября 1941 по июнь 1944 года. Командовали ею С.Г. Сапожников (28 октября – 6 ноября 1941 года), С.М. Воробьев (6 ноября 1941 – 16 февраля 1942 года), Д.Д. Рогачев (16 февраля 1942 – 14 мая 1943 года), Ю.А. Пантелеев (14 мая – 16 декабря 1943 года), П.А. Смирнов (16 февраля 1943 – 30 июня 1944 года).
Днепровскую военную флотилию, расформированную в июне 1940 года и превращенную во флотилии Дунайскую и Пинскую, вновь сформировали в сентябре 1943 года. До декабря 1945 года Днепровской военной флотилией командовал В.В. Григорьев.
Дунайскую военную флотилию создали в июне 1940 года, после того как советские войска заняли Молдавию. Командующими были Н.О. Абрамов (с 28 июня 1940 по 16 сентября 1941 года) и A.C. Фролов (с 16 сентября до 21 ноября 1941 года). С апреля 1944 года Дунайскую флотилию восстановили. Командовали ею С.Г. Горшков (20 апреля – 12 декабря 1944 года) и Г.Н. Холостяков (12 декабря 1944–1945 год).
Ильменская военная флотилия существовала в июле-октябре 1941 года, пока войска Северо-Западного фронта вели бои в районе озера Ильмень. Командовал флотилией В.М. Древницкий (28 июля – 20 октября 1941 года).
Каспийской военной флотилией, которая вела боевые действия в августе 1942 – феврале 1943 года, командовали: Ф.С. Седельников (1940 – 10 сентября 1944 года), Ф.В. Зозуля (с 15 сентября 1944 года).
Ладожская военная флотилия существовала с июня 1941 по ноябрь 1944 года. С 25 по 30 июня флотилией временно командовал В.П. Барановский, с 30 июня по 18 июля – С.В. Земляниченко, с 24 июля по 8 августа – В.П. Боголепов, с 8 августа по 13 октября – Б.В. Хорошхин, с 13 октября 1941 по 25 сентября 1944 года – B.C. Чероков.
Онежская военная флотилия существовала в августе-ноябре 1941 года, после чего ее расформировали и корабли передали в Волжскую флотилию. Но в апреле 1942 года был создан Онежский отряд кораблей, который вел боевые действия с мая по декабрь. В декабре отряд переименовали в Онежскую военную флотилию, которая вела боевые действия до 7 октября 1944 года и была расформирована ввиду того, что фронт ушел далеко от Онежского озера. Флотилией первоначально командовал А.П. Дьяконов (7 августа – 28 ноября 1941 года, 10 мая – 7 июля 1943 года); он же командовал отрядом в 1942 году. С 7 июля по 11 августа 1943 года временно командовал флотилией Н.В. Антонов. С 11 августа 1943 по 25 января 1944 года командующим был П. С. Абанькин, с 25 января по 10 июля 1944 года обязанности командующего исполнял Н.В. Антонов.