Еще не пришла к концу операция под Одессой, а уже 11 апреля Ставка утвердила директиву на освобождение Крыма, подготовленную Главным морским штабом. Замысел операции заключался в одновременном наступлении на Симферополь и Севастополь со стороны Перекопа и с Керченского полуострова. Черноморский флот и Азовская флотилия должны были содействовать наступлению Отдельной Приморской армии на первом этапе борьбы и всему фронту – на последнем. В период решительного наступления морякам следовало блокировать с моря крымские порты и коммуникации противника, а также готовиться к перебазированию в Севастополь и созданию Дунайской флотилии[105].
Когда Кузнецов участвовал в рассмотрении директивы И.В. Сталиным, Верховный главнокомандующий дал прямое указание не рисковать крупными кораблями. Основная тяжесть действий легла на авиацию, легкие силы и подводные лодки.
Приказ наркома ВМФ предписал бригаде подводных лодок: «Во взаимодействии с авиацией уничтожать транспорты и плавсредства противника на коммуникациях в северо-западной части Черного моря». Несмотря на действия неприятельской авиации, подводники выходили к берегам Румынии, Болгарии и Крымского полуострова, топили неприятельские суда. Ночами из засад активно действовали торпедные катера, которым часто помогали самолеты-разведчики. Некоторые катера были вооружены реактивными установками. Морякам с торпедных катеров также удалось потопить несколько судов и кораблей. Особенно крупные потери противник понес при эвакуации Крыма[106].
Наступление 4-го Украинского фронта под Перекопом началось утром 8 апреля 1944 года после двух с половиной часов обработки неприятельских позиций на перешейке и у Сиваша обстрелом артиллерии и ударами с воздуха. В наступление перешла и Отдельная Приморская армия. К 13 апреля, сокрушив сопротивление противника, советские войска вышли к внешним обводам обороны Севастополя. Штурм начали 5 мая, а 9 мая город был освобожден. Большую часть войск противника в Крыму удалось уничтожить или пленить.
После тщательного обследования бухт и траления днем 5 ноября 1944 года эскадра Черноморского флота вступила в Севастополь, отметив возвращение в главную базу двадцать одним залпом из ста орудий. В начале февраля 1945 года нарком ВМФ побывал в Севастополе и видел линкор, крейсера, эсминцы, стоявшие на своих местах