Федор же входил в группу Антония, где с удовольствием слушал рассказы о том, как Преподобный Антоний в 1013 году с благословения князя Владимира нашел на Киевских холмах древнюю пещеру, выкопанную варягами. В ней он устроил для себя небольшую подземную келью, в которой прожил около четырех лет исследуя пещеру…, как после событий с убийством Бориса и Глеба, Антоний отправился на Афонскую гору и о его возвращении.
Вне всякого сомнения, наиболее полно первичный этап основания Киево-Печерского монастыря был описан в «Житии преподобного Антония Печерского», но, к сожалению, оно до наших дней не сохранилось. Относительно пропавшего во мраке веков «Жития преподобного Антония Печерского» всегда шла научная полемика. Потерянное произведение семь раз цитируется в «Киево-Печерском патерику». Безусловно, оригинальный текст «Жития…» снял бы много вопросов… Существуют версии, что это произведение потеряли умышленно, ведь оно содержало в себе целый ряд нежелательных политических моментов относительно отношений с греческой митрополией и исследования Варяжской пещеры.
После смерти Антония в 1073 году и Феодосия в 1074 году при игумене Стефане неспокойно было в душах Печерской братии, да и князья начали распри за престол Киевский. «И многие дни проводил Феодосий в мыслях, помраченный врагом из-за своей бедности, и открыто высказывал скорбь свою перед друзьями», а особенно перед Василием, который «среди черноризцев Печерского монастыря был одним из наиболее добродетельных по жизни». И успокаивал Василий Федора, и «с этого времени между Феодором и Василием еще более усилилась любовь друг к другу».
В 1077 год. Июля 15 дня, Изяслав Ярославич в 3-й раз (1054-1068, 1069-1073, 1077-1078) пришел на престол в Киев.
И первым же делом, по примеру императора Генриха IV (борьба за инвеституру) и наставлениям послов папских, чтоб повысить свое влияние он начал перестановку в церковном мире. В 1078 году принужден был удалиться из Печерского монастыря игумен Стефан. А на место изгнанного Стефана братия единодушно избрала себе игуменом старейшего из всех по летам великого Никона – «первого археолога Киева», который старался продолжить все начинания Феодосия и описывается как строгий, но отходчивый начальник братии. Этот период отмечается продолжением распрей среди монахов, которые начались ещё при Феодосии и Стефане. В летописи говорится о побоях, которые Никон учинял некоторым монахам, особенно же доставалось Исакию, который жил то в Варяжской пещере по соседству с Федором, то в домике, стоящем рядом с пещерой.