В Петербурге Новиков вступил в масонскую ложу Елагина. Про этих людей А. С. Пушкин писал: «Странная смесь мистической набожности и философического вольнодумства, бескорыстная любовь к просвещению, практическая филантропия ярко отличали их от поколения, которому они принадлежали».
Поэт и драматург М. М. Херасков предложил Новикову взять в аренду типографию Московского университета, куратором которого он являлся. Отставной поручик Новиков, ставший к тому времени уже известным журналистом, переехал в Москву. «Господин Новиков, – писал Н. М. Карамзин, – был в Москве главным распространителем книжной торговли… Он торговал книгами, как богатый голландский или английский купец торгует произведениями всех земель: то есть с умом, с догадкою, с дальновидным соображением».
В Москве Новиковым издано около тысячи наименований книг и журналов, им же издавалась единственная тогда газета «Московские ведомости».
Размах издательской и благотворительной деятельности Новикова беспокоил императрицу, к тому же обнаружилось расположение к масонам Павла. Поэтому Екатерина II своими указами ограничивает, а затем и вовсе вынуждает Новикова прекратить деятельность. Летом 1789 года Новиков переселяется в Авдотьино. Хозяйственные заботы и строительство заполнили теперь его жизнь. Однако императрица не теряет бдительности и велит «послать под каким ни есть видом кого посмотреть, какие строения заводит у себя в деревне Новиков». А строил он дома-«связи» для крестьян и колокольню, как считают, по проекту своего друга архитектора В. И. Баженова. Впрочем, есть предположения, что «вольные каменщики» сооружали на территории усадьбы и подземные ходы, обнаруженные недавно.
…Уже сослан был в Сибирь Радищев. Дошла очередь и до Новикова и его друзей. В апреле 1792 года в усадьбу приезжают с обыском, а затем увозят и самого хозяина. Пятнадцать лет пришлось бы провести Новикову в Шлиссельбургской крепости, если бы не смерть Екатерины II. Новый император Павел I повелел освободить и Новикова, и Радищева.
После возвращения в Авдотьино Новиков продолжал строить, принимал у себя друзей. Хозяйство становилось убыточным, а долги были так велики, что после смерти Новикова в 1818 году имение было продано с торгов. Так что вряд ли сохранились в авдотьинских подземельях клады и тайная типография.