Живым подтверждением его пророчеств служат чудеса, которые явил Старец как при жизни, так и после своей кончины. Особую помощь авва Паисий оказывает страдающим онкологией и бесноватым. Многим больным старец являлся в госпиталях. Также он помогает в дорожных авариях, несчастных случаях, спасая людей от гибели. Чудотворят и мироточат даже многочисленные личные вещи Старца, источая при этом неизреченное благоухание.
Митрополит Лимассольский Афанасий поведал об одном чуде, которое совершил старец Паисий. Житель города Пафос на Кипре Николас Ксинарис, сантехник, человек совсем невоцерковлённый, но имеющий народное благочестие, в июле 1997 года работал во дворе одного дома. Наклонившись, чтобы заменить трубу, он почувствовал, что ему прямо в глаз вошло что-то наподобие рыболовного крючка – страшное дело! Он почувствовал, что глаз буквально выходит наружу. «Матерь Божия!» – воскликнул он и стал терять сознание.
Вдруг он видит перед собой монаха в рясе шерстяной шапочке, который берёт его за руку и говорит: «Не бойся, у тебя ничего нет. Послушай, вытолкни с силой то, что вошло тебе в глаз и затем ступай в госпиталь». «Я не могу, я умру!» – закричал несчастный, но старец схватил его, вытащил «крючок» из глаза и говорит: «Теперь ступай в больницу, у тебя ничего нет».
Авва положил руку на его окровавленный глаз, о котором бедняга думал, что он уже лопнул. Николас чувствовал внутри глаза железо, но почувствовал и силу, с которой монах вынул железо из глаза. Едва живой он кричал от дикой боли. Однако в госпитале офтальмолог подтвердил, что всё в порядке, никакой травмы нет, кроме небольшой царапины. Медики дали мазь и сказали, что три-четыре дня надо носить на глазу повязку.
Спустя пять-шесть дней Николас отправился в пекарню за хлебом. Там хозяйка читала книгу отца Паисия и он увидел на обложке фотографию человека, который ему явился. Николас испугался и говорит: «Извините, а кто это?» «Отец Паисий со Святой Горы Афон, святой наших дней», – ответила хозяйка магазина и рассказала ему всё, что знала об этом монахе. «Но я видел его, он мне сделал то-то и то-то… Это именно он», – воскликнул удивлённый сантехник. Николас стал просить хозяйку продать ему эту фотографию, предлагая ей любые деньги, потому что она для него безценна. Но хозяйка подарила ему книгу о Старце Паисии. И теперь она всегда находится у Николаса в машине – как охраняющая его святыня.