В 1996 году он закончил работу над «Лабиринтом отражения» и навсегда покинул Казахстан, переехав на постоянное жительство в Москву. В 1998 году вышел его роман «Ночной Дозор», который положил начало целой серии романов о Дозорах (Дневной Дозор, Сумеречный Дозор, Последний Дозор), получивших большую популярность в связи с экранизацией в 2005 году «Ночного Дозора» режиссёром Тимуром Бекмамбетовым. Эта масштабная экранизация принесла широкую известность его роману. Мрачный фильм о вампирах, ведьмах и ведьмаках, нарушающих законы потустороннего мира, о службе надзора над его нарушителями вышел на российские экраны в 2004 году и стал самым кассовым фильмом года, потеснив в отечественном прокате голливудские хиты того времени.
Появлению «Дозора» на российском экране предшествовала мощная информационная кампания большого мастера рекламы, режиссёра Тимура Бекмамбетова, снявшего этот фильм. Ещё до выхода картины практически на всём пространстве СНГ будущие зрители предвкушали просмотр фантастического фильма, в котором снялись такие звёзды российского кино, как Владимир Меньшов, Константин Хабенский и Жанна Фриске.
Грандиозным успехом российского фильма сразу заинтересовались за рубежом, и продюсеры немедленно выкупили права на показ картины на территории Европы и Америки, чего практически никогда не случалось с российскими картинами. Тимур Бекмамбетов вошёл в пятёрку самых известных режиссёров мира, а Сергей Лукьяненко стал самым читаемым российским писателем в нашей стране и за рубежом.
Летом 2016 года Сергей Лукьяненко выпустил новое фантастическое произведение под названием «Кваzи». Это первый роман о зомби-существах. Описанные в нём события происходят в недалёком будущем. «Кваzи» – это люди, сумевшие вернуться из состояния зомби к разумной жизни. Сегодня Сергей Лукьяненко представлял свою очередную книгу этой серии – продолжение романа «Кваzи» о мертвецах-зомби, наводнивших российские города.
На встречу с писателем в «Московском доме книги» пришло много его преданных читателей, которые забросали его вопросами о судьбах фантастики как литературного жанра.
Многие считают фантастику предсказанием будущего, а книги писателей-фантастов – своеобразными пророчествами этого будущего. Известно множество случаев, когда кажущиеся абсурдными и невероятными предсказания фантастов сбывались.