В годы Великой Отечественной войны Генеральный штаб показал пример радикальной перестройки своей деятельности в соответствии с характером войны и задачами реализации государственной программы и военной доктрины – достижения победы. Он утвердился как профессиональный орган, способный решать самые сложные задачи планирования, подготовки и проведения операций всех масштабов, всех видов. При этом он испытывал острый недостаток в квалифицированных кадрах. Укомплектованность Генштаба военнослужащими не превышала 85 %, а в критические для страны и армии моменты 1941–1942 гг. колебалась от 22 до 71 %. Контрнаступление под Москвой было спланировано группой генералов и офицеров в количестве… 10 человек под руководством А.М. Василевского.
За период войны Генеральным штабом было разработано свыше 300 операций фронтов и групп фронтов, из которых 50 по своему размаху и результату могут быть отнесены к стратегическим. В этой ответственной работе особое внимание уделялось обоснованности расчетов, реальности планов, заблаговременности разработки, всестороннему обеспечению, непрерывному, ГК на ДВ обладало самостоятельностью в решении вопросов руководства военными действиями фронтов, флота, видов Вооруженных Сил. Оно располагало необходимыми резервами, имело свою материально-техническую базу, крупные ремонтные мощности. При главнокомандующем были созданы штаб, управления командующих родами войск, органы тыла. Руководство деятельностью политорганов осуществляло политическое управление.
В подчинении ГК на ДВ находились Забайкальский, 1-й и 2-й Дальневосточные фронты, Тихоокеанский флот, Амурская и Северная флотилии, а также советско-монгольская конно-механизированная группа, действовавшая в составе Забайкальского фронта.
К наиболее значимым военно-стратегическим результатам Дальневосточной кампании 1945 года, полученным под руководством маршала AM. Василевского, характеризующим его как выдающегося полководца и государственного деятеля следует отнести, во-первых, подготовку и проведение стратегической перегруппировки или, как ее еще называют, межтеатрового (трансконтинентального) маневра советских войск с Запада на Восток в предельно сжатые сроки, ставшие беспрецедентными в истории войн и военного искусства. Во-вторых, разгром Квантунской группировки войск Японии, осуществленный почти вдвое быстрее сроков, предусмотренных замыслом проведения Маньчжурской стратегической наступательной операции. В-третьих, апробирование в Дальневосточной кампании таких способов ведения военных действий, которые легли в основу развития новых направлений в теории военного искусства и продолжают сохранять свое влияние на совершенствование военной науки в наши дни.