Таким образом, налоговые органы для целей применения пункта 1 статьи 54.1 НК РФ должны доказать совокупность следующих обстоятельств: существо искажения (то есть в чем конкретно оно выразилось); причинную связь между действиями налогоплательщика и допущенными искажениями; умышленный характер действий налогоплательщика (его должностных лиц), выразившихся в сознательном искажении сведений о фактах хозяйственной жизни (совокупности таких фактов), об объектах налогообложения, подлежащих отражению в налоговом и (или) бухгалтерском учете либо налоговой отчетности налогоплательщика в целях уменьшения налогоплательщиком налоговой базы и (или) суммы подлежащего уплате налога; потери бюджета.
Согласно пункту 2 статьи 54.1 НК РФ при отсутствии обстоятельств, предусмотренных пунктом 1 указанной статьи, по имевшим место сделкам (операциям) налогоплательщик вправе уменьшить налоговую базу и (или) сумму подлежащего уплате налога в соответствии с правилами соответствующей главы части второй НК РФ при соблюдении одновременно следующих двух условий:
1) основной целью совершения сделки (операции) не являются неуплата (неполная уплата) и (или) зачет (возврат) суммы налога;
2) обязательство по сделке (операции) исполнено лицом, являющимся стороной договора, заключенного с налогоплательщиком, и (или) лицом, которому обязательство по исполнению сделки (операции) передано по договору или закону.
Налоговым органам следует учитывать, что пункт 2 указанной статьи содержит условия, только при соблюдении которых у налогоплательщика появляется право учесть расходы и вычеты по имевшим место сделкам, то есть установление факта нарушения налогоплательщиком данных условий является отдельным обстоятельством, при наличии которого налоговый орган отказывает налогоплательщику в учете расходов и вычетов. При этом налоговый орган отказывает налогоплательщику в учете расходов и вычетов при выявлении фактов нарушения хотя бы одного из установленных в пункте 2 статьи 54.1 НК РФ условий (подпункт 1 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ, если имеются доказательства наличия у налогоплательщика основной цели совершения сделки (операции) – неуплата (неполная уплата) и (или) зачет (возврат) налога (сбора), и (или) подпункт 2 пункта 2 статьи 54.1 НК РФ, если материалы проверки свидетельствуют, что товар (работа, услуга) исходят от иного лица, а не от заявленного контрагента).