По некоторым источникам, мать Агнессы была саксонкой и звали ее Гудрун или Гиуфа. В этих же источниках высказывается предположение, согласно которому отец был сильно раздражен самим фактом того, что поддался искушению и имел интимную связь с женщиной. Якобы поэтому он возненавидел и Гудрун, и весь женский пол, а свою дочь заставил носить мужское платье. Разлад между англичанином и матерью будущей папессы продолжался недолго, поскольку вскоре после рождения дочери Гудрун умерла и Агнесса осталась на руках у отца, который возил ее, странствуя по Германии. Хронисты, изложившие рассказ об Иоанне, сообщают, что та еще в раннем детстве проявила недюжинные способности как богослов и миссионер. Когда однажды ее отцу пробили камнем голову и сломали руку, восьмилетняя дочь заменила его и впоследствии не раз сама читала проповеди в трактирах и на постоялых дворах. Она бойко отвечала на любые вопросы по теологии, зарабатывая, между прочим, таким образом деньги на пропитание.
Когда отец Агнессы умер, последняя продолжила духовную карьеру. По завещанию отца, она отвезла его в город, где тот хотел быть похоронен. По дороге ее попытались изнасиловать какие-то монахи, что заставило ее задуматься о том, как защитить себя. Мужской костюм стал для нее средством существования и спасением, поскольку путешествующая молодая девушка подвергалась большим опасностям, чем путешествующий в одиночку мужчина. Кроме того, только мужчина в средневековой Европе мог рассчитывать на получение образования. И не только богословского, хотя именно его вознамерилась получить дочь английского миссионера.
Университетов тогда еще не было, и центрами книжной науки были монастыри. В один из таких мужских бенедектинских монастырей, а именно в Фульдский монастырь (на реке Фульде), и устроилась Агнесса, назвавшись именем Иоанн Ланглуа. Здесь она изучала теологию и философию, выделяясь среди других послушников не только привлекательной внешностью, но и острым умом, ораторскими способностями, эрудицией, трудолюбием.
В Фульдском аббатстве с одним из молодых монахов (также английского происхождения) у Агнессы завязался роман. Пара оставалась неразлучной еще много лет. Ряд источников доносит до нас имя монаха, с которым Агнесса прожила в одной келье семь лет, – Фрументий. По некоторым сведениям, якобы именно из-за него она и пришла в монастырь, причем было ей тогда всего двенадцать лет.