Его арестовали 22 августа 1793 года по приказанию Коммуны. Обыск прошёл 23-го.
27 августа его освободили под ответственность фармацевта и сапожника, но 5 сентября вновь арестовали. В этот раз – Комитет общественного спасения парижского департамента. Его декларировали подозреваемым и отправили в тюрьму Сант-Пелажи. За ним арестовали его товарищей – Леклерка, Лакомба, Варлета и распустили Клуб женщин, на который опирались «бешеные».
Его газета «Публицист Французской Республики» – публикация прекращена.
Он переведён в тюрьму Бисетр, самую населённую из тюрем той эпохи.
Из глубин тюрьмы он аплодирует репрессиям власти против церкви.
23 нивоза II года революции (12 января 1794) Жак Ру предстал перед трибуналом коррекционной полиции в Шатле. Трибунал признал себя некомпетентным и отправил его в Революционный трибунал.
Слушая своё обвинение, которое предвосхищало фатальный и скорее оскорбительный для него приговор, он ударил себя небольшим ножом, спрятанным в одежде, пять раз под сосок левой груди. Окровавленный, он был доставлен в Зал Совета, где его допросили в ожидании хирурга.
Состоялся следующий диалог, который мы имеем, поскольку он сохранился в протоколе:
– Почему Вы покушались на Вашу жизнь (Ваши дни)?
– Уже давно я пришёл к решению принести в жертву мою жизнь, но оскорбления и ужасная жестокость моих преследователей меня окончательно возбудили перейти к делу.
– Трибунал ещё не вынес своё решение по Вашему делу, они лишь отправили Вас к компетентным судьям.
– Я не имею никаких жалоб на Трибунал, он действует согласно закону, но я действую согласно моей свободе (воле).
– Вы не должны бояться появиться перед Революционным трибуналом. Марат, которого Вы считаете Вашим другом, предстал перед Трибуналом и вышел триумфатором.
– Между мною и Маратом существенная разница. Марат не имел моей энергии, и его не преследовали, как меня. Я презираю жизнь. Я войду счастливым и спокойным к друзьям свободы в будущей жизни. Я вам рекомендую моего маленького сироту Масселина, которого я принял у себя. Я прошу, чтобы перед тем как завершить мою карьеру, на меня надели бы красный колпак и чтобы президент Трибунала удостоил бы меня поцелуя мира и братства.
После того как президент удовлетворил желание раненого, хирург его осмотрел и официально констатировал раны.