Когда граф Шефтсбери слег из-за инфекции печени, Локк обежал всех лондонских врачей и собрал консилиум, что было не совсем обычно в то время. Он красноречиво убеждал докторов вспомнить все их искусство и найти выход. В конце концов группа врачей решилась на рискованную операцию, которая прошла успешно. После этого граф советовался с Локком и по всем политическим вопросам.
В Лондоне он также поработал несколько лет в совете по торговле и плантациям фактически как главный специалист колониального министерства, делая расчеты, будет ли колебаться цена на ввозимые из Нового света товары. Локк впервые понял, что нужно измерять товар не кораблями, а партиями, и что международная торговля основана не на накоплении богатств, а на рентабельности владений. Вообще, применение сложных математических расчетов в торговле, выходящих за пределы простой бухгалтерии, было тогда неожиданным, но Локк в этом преуспел, и его советами стали руководствоваться придворные, занимавшиеся деловыми операциями.
В 1672 году граф Шефтсбери становится лордом-канцлером, и с этого момента все время Локка занято подготовкой документов и проектов законов. Основанная Шефтсбери в парламенте группа получила в 1678 году название «виги»: это были предприниматели-пуритане, считавшие, что будущее экономики не за владением имениями, а за свободной торговлей. Виги – предшественники современных экономических либералов, они сопротивлялись реставрации Стюартов и считали, что абсолютизм мешает развитию банковской и кредитной системы. Дела Шефтсбери в такой напряженной политической борьбе шли не очень хорошо, и Локк отпросился в 1675 году в отпуск во Францию, чтобы узнать о новых достижениях медицины, в частности, о правилах клинического наблюдения, созданных в университете Монпелье. Во Франции он успел и поработать преподавателем медицины, и поучиться, и пообщаться с философом Никола Мальбраншем, в определенном смысле своим двойником в философии, только Локк опирался на опыт, а Мальбранш – на созерцание. В Англию он вернулся лишь в 1679 году, когда амбиции монархии были обузданы и граф Шефтсбери получил контроль над парламентом, правда, недолгий. Локку было поручено работать над законами по ограничению власти короля, иначе говоря, участвовать в той деятельности, которая в конце концов привела к Славной революции 1688 года. После нее дрейф обратно к католичеству оказался уже невозможен. Билль о правах 1689 года, утвердивший свободу слова и запретивший королю штрафовать подданных без санкции суда, впитал в себя ряд идей Локка. Впрочем, взгляды этого философа, которого иногда называют «отцом либерализма», были иногда смелее даже Билля о правах, входящего в конституцию современной Великобритании, учитывая, что он говорил о равенстве всех людей и праве каждого человека участвовать в формировании правительства.