После этого югоосетинцы в очередной раз провели референдум о будущем республики. В голосовании принял участие 91 % избирателей. Одновременно на второй срок был избран президентом Эдуард Кокойты, ранее работавший преподавателем физкультуры и трудившийся в торговом постпредстве Южной Осетии в России. Ему отдали предпочтение 95 % избирателей.
15 января 2007 года была подорвана БМП с российскими миротворцами. Были раненые. Почти одновременно в селе Авневи грузинская полиция вступила в перестрелку с осетинами. Село было под юрисдикцией Кокойты, но грузины попытались взять его под контроль.
19 мая власти Южной Осетии сообщили об обстреле Цхинвала со стороны грузинских сел Эргнети и Никози, также произошедшем в субботу. В результате обстрела были ранены два человека и серьезно пострадали семь домов. В ответ осетины подвергли обстрелу блокпост МВД Грузии, расположенный возле села Эргнети. Несколько снарядов упали в селе Никози. Данных о пострадавших в результате обстрела из Грузии не поступало.
В конце июня произошла очередная перестрелка. Первыми с заявлением об агрессии выступили осетинские власти. Два дня подряд Цхинвал, а также несколько осетинских сел были обстреляны из минометов и гранатометов со стороны грузинских населенных пунктов. В результате был разрушен жилой дом и тяжело ранен 19-летний сотрудник милиции, который от ранений скончался. Грузины попытались выдвинуть колонну тяжелой военной техники, но российские миротворцы ее остановили и повернули назад.
Летом 2007 года в самую жару вышли из строя трубы водопроводов, питающих со стороны грузинских сел Цхинвал. Тбилиси отказался их ремонтировать даже при финансировании югоосетинцами и заявил, что, мол, всякое бывает. Тогда Кокойты перекрыл вентили других водопроводов, идущих уже из Южной Осетии в грузинские села.
26 сентября 2007 года Цхинвал вновь подвергся массовому обстрелу со стороны позиций грузинских вооруженных формирований. Минометные и гранатометные снаряды взрывались практически во всех районах города в течение более двух часов. Эдуард Кокойты отдал приказ о переброске к окраине Цхинвала тяжелой техники, с тем чтобы она подавила огонь, ведущийся по городу. В связи с обострением ситуации в зоне грузино-осетинского конфликта глава Абхазии Сергей Багапш после телефонного разговора с югоосетинским лидером Э. Кокойты принял решение направить в Южную Осетию дополнительные военные силы, включая боевую технику. Тем временем грузинские СМИ заявили, что со стороны Южной Осетии огонь был открыт по грузинским селам Эредви, Эргнети и Никози.