В XVI веке Лондон быстро развивается и вскоре становится одним из крупнейших торговых центров Европы. Во время правления Елизаветы I население Лондона за 40 лет удваивается и к 1600 году достигает 200 тысяч. В 1560 году основывается Королевская биржа, в городе процветают малые предприятия, а крупные английские владельцы начинают вести торговлю по всему миру – от России до Америки. В частности, королева Елизавета I принимала послов из Московии в садах пригородов Лондона Ричмонде.
В 1600 году была создана крупнейшая Ост-Индская компания. После того, как в 1572 году испанцы захватили и разграбили голландский город Антверпен, Лондон стал крупнейшим центром торговли на Северном море. Продолжает увеличиваться населения столицы. В 1605 году в ней насчитывалось 225 тысяч жителей. В XVI веке в Лондоне появились первые карты города и первые публичные театры, самым популярным из которых стал «Глобус», в котором ставились пьесы Уильяма Шекспира.
В это же время в Вест-Энде начали селиться аристократы и придворные. Вскоре район стал одним из самых престижных мест города. До сих пор дом в Вест-Энде является пропуском в высший свет Лондона.
Во время Английской гражданской войны Лондон занял сторону Парламента. Чтобы защитить город, были созданы войска ополчения и возведены оборонительные укрепления, битва при Брентфорде произошла всего в нескольких милях от Лондона. Хорошо организованная оборона не позволила королевским войскам взять город. Хранившиеся в Лондоне богатства помогли Парламенту одержать победу.
Как и во всех европейских городах того времени, в Лондоне отсутствовали канализация и система здравоохранения, город был сильно перенаселен, поэтому в нем довольно часто вспыхивали эпидемии со многими сотнями, а порой и тысячами жертв. Самая страшная эпидемия, которую в Англии называют Великой Чумой, случилась в 1665 – 1666 годах. Страшную болезнь на территорию Англии завезли голландские суда, которые перевозили хлопок из Амстердама, где в 1663 – 1664 годах болезнь унесла около 50 тысяч человек. Портовые пригороды Лондона были переполнены рабочими и первыми пострадали от чумы. В столице жертвами эпидемии стала пятая часть населения – примерно 60 000 человек. День и ночь звонили погребальные колокола. Король вместе с семьей покинул Лондон, однако многие представители городской власти остались. Они наняли врачей, организовали тщательное захоронение жертв и распорядились, чтобы постоянно, днем и ночью, горел огонь, надеясь, что он очистит воздух. Чтобы отогнать инфекцию жгли разные вещества, распространяющие сильные запахи – хмель, ладан, перец; жителей заставляли курить табак. Случаи возникновения чумы продолжалась до сентября 1666 года. Через некоторое время смертность начала снижаться. Вскоре в город вернулся король и его окружение.