Осенью 1997 года – после смены правительства – КНБ подвергся определенной реорганизации, которой столь противились все прежние руководители. Департамент разведки был преобразован в самостоятельную Службу «Барлау», подчиненную непосредственно президенту и формально уравненную с самим КНБ (шеф «Барлау» генерал-майор Женис Рыспаев, в прошлом военный контрразведчик, вошел в состав Совбеза наравне с руководителями прочих силовых структур).
Начало больших реформ
1998 год вошел в историю КНБ как год многочисленных реформ. По количеству ежемесячных реорганизаций, оптимизаций и функционализаций лето 1998 года поставило до сих пор не преодоленный рекорд.
Для выхода из сложившейся ситуации и из-за ухудшения макроэкономической обстановки руководство республики приняло решение о проведении досрочных президентских выборов, призванных мобилизовать элиту и отчасти таким образом пресечь брожения и интриги внутри нее. В этих условиях было сменено руководство администрации президента и основной спецслужбы. В частности, первый помощник и ближайшее доверенное лицо президента Нуртай Абыкаев назначен председателем КНБ.
Нуртай Абыкаев первым делом приумножил свое «достояние»: через неделю после его назначения разведка вернулась к прежним хозяевам, став Службой «Барлау» КНБ. «Раскольник» Женис Рыспаев был смещен, а его место временно занял зампред КНБ Нуртай Дутбаев (к слову сказать, контрразведчик).
Идиллия продолжалась недолго: президентские выборы прошли, и было сформировано старое-новое правительство. В условиях стремительной олигархизации казахстанской элиты и сужения перспектив дальнейшей экспансии основные политические и экономические силы начали борьбу друг с другом и с властными центрами, ограничивающими оперативный простор внутриэлитных противостояний.
В конце июня 1999 года Нуртай Абыкаев добился переподчинения КНБ Пограничных войск (в очередной раз) и преобразования Института КНБ в академию. Летом 1999 года разгорелся умело направляемый скандал, связанный с продажей тридцати трех истребителей «МиГ-21» КНДР (стоит отметить, что в факте подобного скандала присутствовала заинтересованность как внутренних, так и внешних сил). В результате произошла очередная смена председателя КНБ.
На свое место вернулся Альнур Мусаев. Тогда же активную роль начал играть зять президента Нурсултана Назарбаева Рахат Алиев (подробнее об этом человеке и его делах будет рассказано ниже). А сейчас отметим лишь, что начальник ДКНБ по Алма-Ате и области (позднее он стал первым зампредседателя КНБ) вместе со своим начальником и руководителями еще нескольких «силовых» и коммерческих структур, а также СМИ образовали команду, которая начала бороться с местными олигархами за экономическую и политическую власть в республике. В результате КНБ оказалась втянута в политический сыск и стала инструментом информационного и «силового» давления на определенную часть оппонентов власти.