5 октября под огневым воздействием оперативной группы правительственных сил боевики мелкими группами рассредоточились в районах ущелья Ходжа-Ачкан, летников Кульп и Гарум, избегая при этом прямых боевых столкновений с правительственными войсками. Части и подразделения войск выдвинулись по назначенным маршрутам и к исходу дня овладели и закрепились на рубежах: села Зардалы и Коргон, слияние рек Арча-Баши – Ак-Терек. Продолжалась оперативно-разведывательная работа по выявлению вероятных маршрутов передвижения боевиков и районов их скопления с целью нанесения бомбовых и артиллерийских (минометных) ударов. По имеющимся данным, боевики расположены на прежних позициях в урочище Ходжа-Ачкан.
Из Кадамжайского района беженцы полностью вернулись к местам постоянного проживания, количество беженцев в Баткенском районе составляет 3379 человек.
В течение 7 октября силами войск проведены рейдовые действия по зачистке Раутского ущелья. Для укрепления охраны государственной границы по югу республики созданы Баткенский и Ляйлякский пограничные отряды, подразделения которых уже прибывают к местам своей постоянной дислокации и приступают к несению пограничной службы. Совместными усилиями спецслужб и правоохранительных органов с участием неправительственных организаций продолжается работа по освобождению заложников. Продолжаются строительные и восстановительные работы по возведению жилья, дорог и других объектов в пострадавших районах.
По состоянию на 8 октября 1999 года оперативная обстановка в Баткенском, Чон-Алайском и Кадамжайском районах Ошской области изменений не претерпела и оставалась стабильной. Каких-либо активных действий и вылазок боевиками, блокированными подразделениями объединенной группировки войск в основном в ущелье Ходжа-Ачкан Баткенского района, не предпринималось. Действиями блокпостов, засад и рейдовых групп, обороной господствующих высот войска блокируют и предотвращают просачивание мелких групп боевиков в глубь территории и ведут их уничтожение.
По данным на 9—10 октября, бандитские формирования расположены на прежних позициях в ущелье Ходжа-Ачкан. Часть бандитов-наемников, не выдержав постоянных ударов подразделений объединенной группировки войск, начинает отступать через перевал Тельбе и переходить в Джиргатальский район Таджикистана. В населенном пункте Ходжа-Ачкан остался полевой командир Д. Намангони с боевиками в количестве до 100 человек, в основном узбекской национальности, которые вылазок не предпринимают. Компетентными органами с участием заинтересованных неправительственных организаций, привлечением возможностей народной дипломатии принимаются все меры к уточнению местонахождения и освобождению заложников.