войска (войска правительственной связи, части радиоразведки, инженерно-строительные части);
учебные заведения – Академия ФАПСИ и Воронежское военно-техническое училище;
научно-исследовательские и другие организации.
В составе Федерального агентства функционировал орган внешней разведки.
При Федеральном агентстве действовала Академия криптографии Российской Федерации.
Возглавлял Федеральное агентство и руководил его деятельностью генеральный директор.
Основные решения принимались коллегиальными органами – коллегией и научно-техническим советом ФАПСИ.
Согласно размещенной на официальном сайте ФАПСИ информации деятельность ведомства осуществлялась по следующим основным направлениям:
«1. Обеспечение правительственной связи. Государственная система правительственной связи представляет собой федеральный комплекс технологически сопряженных сетей междугородной, международной, городской и полевой связи, радиосвязи с подвижными объектами, связи с загранучреждениями России. Это основная телекоммуникационная среда для президентской связи, система межведомственного и межгосударственного общения.
2. Участие в разработке и проведении государственной политики в области формирования государственных информационных ресурсов и реализация совместно с другими министерствами и ведомствами Федеральной целевой программы создания и развития информационно-телекоммуникационной системы специального назначения в интересах органов государственной власти (ИТКС). На ФАПСИ возложена функция организатора и координатора работ по созданию данной системы.
При участии ФАПСИ были разработаны концептуальные основы создания и развития ИТКС, созданы и переданы в эксплуатацию основные структурные элементы системы, включая ситуационный центр Президента Российской Федерации, ситуационный центр Совета Безопасности Российской Федерации, информационно-аналитические системы Администрации Президента Российской Федерации, Аппарата Правительства Российской Федерации и Федерального Собрания Российской Федерации, ряд специализированных информационно-коммуникационных систем в федеральных органах исполнительной власти и органах исполнительной власти субъектов Российской Федерации.
3. Участие в противодействии угрозам информационной безопасности России, связанным с применением так называемого