Сети связи и системы коммутации;
Информационная безопасность телекоммуникационных систем;
Автоматизированные системы обработки информации и управления;
Юриспруденция.
Выпускникам присваивается воинское звание «лейтенант».
Академия ФАПСИ была создана в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 21 марта 1992 года. Приказом генерального директора ФАПСИ 23 апреля 1992 года Орловское высшее военное командное училище связи КГБ имени М. И. Калинина (ОВВКУС им. М. И. Калинина) преобразовано в Военный институт правительственной связи (ВИПС). Начальником института назначен генерал-майор В. А. Мартынов. В октябре 1992 года был осуществлен переход на факультетскую систему обучения курсантов. В 1993 году при ВИПС образована аспирантура и проведен первый набор для очного и заочного обучения. С 1995 года начался выпуск офицеров, прошедших обучение по пятилетней программе.
В 1996 году утверждена новая организационно-штатная структура института. Имеется и совершенствуется учебно-методический и научно-информационный комплекс в составе кафедр, научно-исследовательского отдела, аспирантуры, отдела информационно-телекоммуникационных систем с дисплейными классами, методических кабинетов, бюро научно-технической информации, библиотеки с читальными залами.
Распоряжением Президента РФ от 30 марта 2000 года № 94-рп, постановлением Правительства РФ от 12 апреля 2000 года № 336 в целях совершенствования подготовки, переподготовки и повышения квалификации военных кадров в области правительственной связи и иных видов специальной связи, радиоэлектронной разведки средств связи и защиты информации и в соответствии с ФЗ «Об обороне» Военный институт правительственной связи преобразован в Академию Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия ФАПСИ).
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 25 октября 2003 года № 1545-р Академия Федерального агентства правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации переименована в Академию Службы специальной связи и информации при Федеральной службе охраны Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия Спецсвязи России).
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 15 ноября 2004 года № 1450-р Академия Службы специальной связи и информации при Федеральной службе охраны Российской Федерации переименована в Академию Федеральной службы охраны Российской Федерации (сокращенное наименование – Академия ФСО России).