Была развалена налаженная в советское время агентурная и разведывательная работа. У МНБ отобрали такую важную функцию, как борьба с терроризмом, ее передали МВД. В результате в 1993–1994 годах Азербайджан оказался уязвим перед внешним и внутренним врагом. В Азербайджане один за другим стали происходить террористические акты и диверсии. Так, 19 марта 1994 года членом лезгинского национального движения «Садвал» Октаем Курбановым был организован взрыв в Баку на станции метро «20 января». Тогда погибло четырнадцать человек, ранено пятьдесят два. Следствие установило причастность к данной акции руководства «Садвала».
Возрождение госбезопасности Азербайджана началось лишь с приходом к власти в 1993 году Гейдара Алиева, знающего, чего можно добиться от спецслужб при умелом управлении. Многие склонны считать период с 1993 по 1996 год временем расцвета МНБ: в это время министерством был раскрыт ряд крупных преступлений. Это и теракты, и диверсии, и попытки подготовить «исламскую революцию», когда религиозные радикалы сотнями отправляли молодежь на учебу в Иран, где те обучались не только богословию, но и владению оружием. В те годы МНБ разоружило незаконные вооруженные формирования, подчинявшиеся не государству, а отдельным персонам.
Однако борьба с реальными террористами продолжалась лишь до тех пор, пока те угрожали режиму Гейдара Алиева. После того как их пересажали, дело дошло до политических противников президента страны. Теперь главным противником стала не Армения – с военным поражением в Нагорном Карабахе официальный Баку смирился, – а собственные политики и чиновники. От них вкупе с оппозицией, по мнению официального Баку на рубеже двух веков, исходили основные угрозы национальной безопасности.
Так, в июле 2001 года Министерство национальной безопасности Азербайджана завершило предварительное расследование уголовного дела в отношении группы лиц во главе с экс-президентом Аязом Муталибовым, обвиняемых в подготовке насильственного захвата власти в стране.
«В результате проведенных по уголовному делу следственных и оперативно-розыскных мероприятий установлено, что бежавший из республики и нашедший убежище в Москве после неудачной попытки прийти власти в мае 1992 года Муталибов не отказался от намерений силой захватить власть в Азербайджане», – говорится в сообщении пресс-службы этого ведомства.