Краснознаменный Одесский военный округ (Молдавская ССР, Запорожская, Крымская, Николаевская, Одесская, Херсонская области Украинской ССР);
Краснознаменный Прибалтийский военный округ (Латвийская, Литовская, Эстонская ССР, Калининградская область);
Краснознаменный Приволжский военный округ (Куйбышевская, Оренбургская, Пензенская, Саратовская, Ульяновская области, Башкирская, Марийская, Мордовская, Татарская, Чувашская АССР);
Краснознаменный Прикарпатский военный округ (Винницкая, Житомирская, Ивано-Франковская, Львовская, Луцкая, Ровенская, Тернопольская, Ужгородская, Хмельницкая, Черновская области Украинской ССР);
Краснознаменный Северо-Кавказский военный округ (Краснодарский, Ставропольский края, Дагестанская, Кабардино-Балкарская, Калмыцкая, Северо-Осетинская, Чечено-Ингушская АССР, Астраханская, Волгоградская, Ростовская области);
Краснознаменный Сибирский военный округ (Алтайский, Красноярский края, Кемеровская, Новосибирская, Омская, Томская, Тюменская области, Тувинская АССР);
Краснознаменный Среднеазиатский военный округ (Казахская, Киргизская, Таджикская ССР);
Краснознаменный Туркестанский военный округ (Туркменская, Узбекская ССР; в т. ч. 40-я общевойсковая армия – основная часть Ограниченного контингента советских войск в Афганистане);
Краснознаменный Уральский военный округ (Коми, Удмуртская АССР, Кировская, Курганская, Пермская, Свердловская, Челябинская области).
Управления Особых отделов в группах советских войск, дислоцированных в социалистических странах Восточной Европы:
Северная группа войск (Польская Народная Республика);
Центральная группа войск (Чехословацкая Социалистическая Республика);
Южная группа войск (Венгерская Народная Республика).
Управление Особых отделов в Группе советских войск в Германии. С 1954 года в составе этого подразделения действовал 3-й отдел (закордонная разведка). Его сотрудники совместно с коллегами из Первого главного управления КГБ и МГБ ГДР сосредоточили свое внимание, прежде всего, на разработке отдельных органов спецслужб Западной Германии и НАТО. Речь шла о внедрении в эти органы (включая шифровальные и дешифровальные) своей агентуры, а также о нейтрализации деятельности и дезинформации технической разведки противника.
Управление Особых отделов в Ракетных войсках Стратегического назначения.