В 1798 году пограничным таможням были даны «инструкции одинакового содержания, с изъяснением, какой вообще порядок в делопроизводстве соблюдаем быть должен».
XIX век занимает особое место в истории российского таможенного дела. Это был период, когда в рамках единого централизованного государственного управления таможенным делом произошло формирование системы таможенных органов по вертикали: центральный орган управления таможенной службой – таможня – таможенная застава.
Развитие территорий, потребности в укреплении границ и задачи государства в области охраны экономики определяли количество и основные функции пограничных таможен.
Важным шагом на пути усиления государственного управления таможенным делом стал Манифест от 24 июня 1811 года под названием «Учреждение Таможенного управления по Европейской торговле», по которому были созданы 11 таможенных округов (в пределах западных границ Империи), учреждены штаты таможенной стражи и таможенного присмотра по морским и сухопутным границам России.
Манифест предписывал организацию контрольных таможен для проверки таможен и ревизии товаров, провозимых через таможню по сухопутной границе. Надзор над таможнями поручался начальникам контрольных таможен.
Манифест определил компетенцию и устройство Департамента внешней торговли, в структуру которого вошло Таможенное отделение. Департамент являлся высшим органом государственного руководства внешней торговлей и таможенной службой.
В XIX – начале XX века пограничные таможни стали важнейшим инструментом внешней торговли, так как находились под централизованным управлением единого ведомства.
На пограничные таможни кроме фискальной функции по сбору таможенных пошлинбыли возложены задачи по военной охране государственной границыи борьбы с контрабандой.
По огромной длине границ Российской империи была создана широкая и разветвленная сеть таможенной инфраструктуры, с большим числом, таможенных строений, постов, переходных пунктов, амбаров, складов, пристаней, карантинов.
Развитие железных дорог вызвало появление на границах ещё большего количества таможен, очищавших товары пошлиной.
С возрастанием пассажиропотока через границы были срочно введены новые правила досмотра товаров, пассажиров и их багажа.
Значительные мероприятия проводились по созданию и формированию