Вооружённые Таможенная и Карантинная пограничные службы работали слажено и никогда не дублировали друг друга, а рационально сочетались в зависимости от степени опасного напряжения на рубежах Державы.
В спокойные карантинные времена, когда отсутствовала мóровая опасность, Карантинная стража по-хозяйски численно сокращалась.
Командированные в Карантин армейские нижние чины и офицеры при этом возвращались к местам своей постоянной армейской службы, а полная ответственность за карантинную безопасность границ переходила на Таможню и её вооружённую Таможенную стражу.
По этому поводу в Карантинном уставе 1832 года было сказано следующее:
«§ 81. Обыкновенное содержание кордона по Чёрному и Азовскому морям, равно по сухопутной Турецкой границе, в благополучное от заразы время, возлагается на одну пограничную Таможенную Стражу, с соразмерным ея по сему случаю усилением, о коем Министр Финансов обще с Министром Внутренних Дел обязан войти с особым докладом к Его Императорскому Величеству.
§ 82. Содержащие ныне обыкновенный Карантинный кордон полки и команды снимаются при первой возможности, и заменяются Таможенною Стражею, которая за сим принимает название Пограничной Стражи».
При получении секретной информации от русских консулов в соседних карантинно неблагонадёжных государствах, в том числе Турции и Иране, заблаговременно до появления очагов карантинной заразы у границ Российской империи, Карантин и его карантинная стража предусмотрительно численно усиливались за счёт личного состава местных частей регулярной армии Российской империи.
При этом, Таможня и Карантин менялись местами в технологической цепочке охраны государственной границы, когда Карантин выходил на шаг вперёд и теперь уже он первый профессионально встречал смертельную мóровую опасность.
В таком случае, Таможня приступала к своим профессиональным делам только после того, как Карантин производил разведку карантинного состояния груза и транспортных средств, прибывавших из-за границы, на предмет выявления карантинных объектов, и при необходимости производил полное обеззараживание груза, транспортного средства, членов экипажа и пассажиров с их ручной кладью.
Это была очень долгая, тяжёлая и крайне опасная работа для работников Карантина и Таможни, с постановкой судна на якорь в акватории, например, Новороссийской карантинной бухты