В октябре 1782 г. указом Екатерины II «Об учреждении особой таможенной цепи и стражи для отвращения потаенного провоза товаров» таможенные заставы были переданы в надзирательские дворы, реорганизована форпостная система. Надзор на границе стал осуществляться военными и таможенными властями.
В каждой пограничной губернии была учреждена Пограничная таможенная стража. Она находилась в ведении казенных палат, состояла из таможенных пограничных надзирателей (по одному на каждые 50 верст) и объездчиков (по два на каждые 10 верст) и инспектировалась советниками таможенных дел.
Однако вольнонаемная стража оказалась неэффективной, в связи с чем в 1811 г. она была дополнена Казачьей пограничной стражей.
С 1822 г. Пограничную таможенную стражу стали пополнять только воинскими нижними чинами, в первую очередь из кавалерийских частей.
С 1823 г. в дополнение к объездчикам (конным) были введены стражники (пешие).
С августа 1827 г. Таможенной пограничной страже была придана четкая военная организационная структура.
Но, управление Пограничной таможенной стражей по-прежнему было сосредоточено в гражданском Департаменте внешней торговли Министерства финансов.
На западной границе России было сформировано 13 таможенных округов, 4 бригады, 7 полубригад, 2 отдельные роты. Бригады и полубригады состояли из рот, последние подразделялись на отряды.
Иногда создавались временные формирования – подвижные колонны. Отряды состояли из конных объездчиков и пеших стражников, именовались по главному посту дистанции и подчинялись надзирателям и их помощникам.
Главная обязанность командиров Пограничной таможенной стражи заключалась в заведовании воинской и хозяйственной частями, а также общим порядком таможенного надзора, в профессиональное дело которого они не вмешивались без особого поручения.
Права и обязанности членов Пограничной таможенной стражи были уточнены в Инструкции надзирателям Таможенной пограничной стражи и их помощникам 1829-го года.
В 1832 г. казачьи части и подразделения на второй линии были полностью заменены Пограничной таможенной стражей.
В 1832 г. Таможенная пограничная стража была переименована в Пограничную стражу Департамента внешней торговли Министерства финансов России.
В 1832 г. на пограничную стражу был возложен «в благоприятное время» карантинный надзор по побережью Черного и Азовского морей, а также по сухопутной границе с Турцией.