Но политические таланты Помпея сильно уступали его талантам полководца. Поэтому после окончания срока консульства Помпей был назначен командующим в войне с пиратами.
Обосновавшись на Юго-Восточном побережье Малой Азии, пираты воспользовались гражданскими войнами в самой Италии и, захватив господство на море, стали грабить прибрежные города. Подобное ремесло стало настолько выгодным, что многие знатные и состоятельные люди становились пиратами. Морская торговля на Средиземном море стала невозможной, и Рим столкнулся с недостатком продовольствия. Поэтому был принят законопроект, предоставлявший Помпею командование флотом, неограниченные полномочия в провинциях, возможность брать любое количество денег из казначейства.
Вера римлян в Помпея была настолько большой, что, когда законопроект был обнародован, упали цены на продовольствие. Помпей собрал флотилию из пятисот кораблей. Затем, разделив все Средиземное море на тринадцать участков, он расположил в каждом из них определенное количество кораблей с начальником во главе. Таким образом было захвачено много пиратских кораблей. Некоторые пираты сдались Помпею. Он забрал их корабли, не причинив вреда команде, что послужило примером для многих других. Главная битва с пиратским флотом состоялась у крепости Коракесия в Малой Азии. Потерпев поражение в морском сражении, пираты укрылись в крепости, были осаждены и вскоре сдались. Удивительно, что Помпей не покарал пиратов, а расселил их в отдаленных от моря местах.
В это время произошли события, сыгравшие в дальнейшей жизни Помпея негативную роль. Один из народных трибунов, Манилий, предложил закон, согласно которому Помпею передаются все провинции и войска, во главе которых стоял Лукулл – полководец, который уже восемь лет вел войну с Митридатом. Знатные римляне понимали, что такие меры незаслуженно обидят Лукулла, добившегося в войне многих успехов и сделавшего окончательную победу над Митридатом делом времени, но, опасаясь гнева народа, уклонились от обсуждения законопроекта. В результате закон был принят. Прибыв в провинции, Помпей принялся демонстрировать, «кто в доме хозяин», всюду отменяя указы Лукулла. Кроме того, он открыто издевался над подвигами Лукулла, нажив в лице последнего опасного противника.
После отъезда Лукулла Помпей выступил против Митридата. Эта война оказалась достаточно продолжительной. Несколько раз Помпей разбивал войска Митридата, но тот собирал все новые силы. Преследуя Митридата, Помпей вторгся в Армению, царь которой, Тигран, предпочел подчиниться римлянам. Преследование Митридата продолжалось через Албанию и Иберию, находящиеся на территории современного Азербайджана и Грузии. Попутно Помпей разбил в сражениях и альбанов, и иберов. Но Митридат укрылся на Киммерийском Боспоре, современном Керченском полуострове.