Кромвель начал формировать собственный кавалерийский эскадрон, так как считал, что без сильной кавалерии парламент никогда не одержит победу над армией короля. Он набирал солдат среди пуритан и сектантов. «Они воевали не ради денег, а во имя того, что считали своей целью, – общественного блага». В кавалерии Кромвеля простолюдины могли стать офицерами. Он безжалостно расстреливал за мародерство, ввел в полку общую молитву. Организовав дееспособный полк, Кромвель заставил бояться и уважать себя. Его кавалерия, ставшая ядром будущей армии, была лучшей в Европе. В бой она шла с пением псалмов.
В 1645 году палата общин приняла постановление о создании регулярной армии нового образца. Кромвель из скромного капитана превратился в генерал-лейтенанта. Официально командующим был Ферфакс, но фактически армией командовал Кромвель. Главное отличие его армии было в том, что она состояла не из наемников, как это было раньше, а из англичан, готовых отдать жизнь за вольности и религиозную реформацию. Фанатики в обычной жизни, его индепенденты на службе отличались беспрекословным подчинением, стойкостью, строгой нравственностью. В армии не было ни пьянства, ни драк, ни мародерства. До звания полковника мог дослужиться и сапожник, и котельщик, и извозчик, и корабельный шкипер. «Его войска ходили в бой с точностью машин, пылая в то же время фанатизмом первых крестоносцев. Со времени образования армии до минуты ее расформирования она ни на Британских островах, ни на материке не встречала никогда врага, который мог бы устоять против ее натиска», – писал Е. А. Соловьев.
Однако Кромвелю не всегда удавалось сдерживать своих индепендентов от ненависти к католическим священникам и храмам. Они приходили в бешенство при виде образа или статуи святого. Многие английские соборы хранили следы этой ненависти. «Кто не за меня, тот против меня, а кто против меня, того надо уничтожить». Как фанатики, индепенденты были грозной силой, и эта сила теперь была в руках Кромвеля.
14 июня 1645 года Кромвель наголову разбил армию роялистов в битве при Нейзби. Карл I бежал к шотландцам, но те продали его парламенту. Возник вопрос: что с ним делать? Пока парламент обсуждал возможность компромисса, в армии вспыхнул мятеж. Индепенденты требовали суда над королем: они боролись за республику. Революционный суд при активном участии Кромвеля признал короля тираном и общественным врагом. Карл I был казнен – Кромвель перешел свой Рубикон. С этого момента военная и политическая власть начала постепенно концентрироваться в его руках. Этот процесс занял 4 года (1649–1653).