Афины Аристотель покинул в 348 г., сразу после смерти Платона, произнеся при этом, по преданию, знаменитые слова: «Платон мне друг, но истина дороже». Он отправился в Среднюю Азию. В г. Атарнее молодой философ женился на Пифиаде, младшей сестре тирана Атарнеи Гермия, своего друга и любимого ученика. Когда Гермий погиб в результате заговора, Аристотелю с молодой женой стало небезопасно находиться в городе, и они поселились на острове Лесбос. Пифиада была счастлива с Аристотелем. Позже у них родилась дочь, которую назвали в честь матери.
Во время пребывания на Лесбосе Аристотель получил приглашение от македонского царя Филиппа вернуться в Македонию и стать воспитателем его сына Александра. В послании говорилось: «Царь македонский приветствует Аристотеля. Извещаю тебя, что у меня родился сын. Но я благодарю богов не столько за то, что они даровали мне сына, сколько за рождение его во времена Аристотеля; потому что я надеюсь, что твои наставления сделают его достойным наследовать мне и повелевать македонянами».
Три года посвятил Аристотель воспитанию Александра, занимаясь с ним всеми образовательными предметами. Он дал своему царственному ученику энциклопедическое образование, передал ему свои медицинские познания, привил вкус к научным исследованиям природы. Большую часть времени учитель и ученик жили в Стагире, где для них был построен роскошный дворец Нимфеум, окруженный тенистыми садами. Филипп, а затем и Александр не жалели ничего, чтобы обеспечить Аристотелю возможность заниматься науками. Александр выделил ему для этих целей огромную сумму денег. Кроме того, около тысячи человек постоянно доставляли для научных опытов Аристотеля редких животных, растения и минералы.
С Александром Македонским Аристотель расстался накануне его первого похода в Азию. 50-летний философ вместе с женой Пифиадой, дочерью и воспитанником Никанором (сыном своего опекуна) уехал в Афины, оставив вместо себя своего племянника и ученика, философа Каллистена. Платоновской Академией в то время руководил Ксенократ, Аристотель же основал в Ликии (священной роще Аполлона Ликейского) свою школу. По имени рощи эта школа стала называться Ликеем, а ее ученики – перипатетиками. Название это происходит от греческого слова «перипатос» (крытая галерея для прогулок, где проходили занятия). Перипатетиков было не так уж много, поскольку философия Аристотеля включала в себя чуждые для афинян естественнонаучные взгляды.