Проведя при дворе около 30 лет, Евдокия удалилась в Иерусалим. Причины отъезда императрицы точно неизвестны, впоследствии возникла легенда, обвиняющая ее в супружеской измене, однако, по-видимому, причины возникновения легенды чисто-политические: после гибели Феодосия II власть была узурпирована его сестрой Пульхерией и для новых правителей выгоднее всего оказалась трактовка, согласно которой Евдокия была сослана самим Феодосием80.
Между тем, очутившись в Палестине в весьма смутное время, Евдокия продолжала политику своего мужа, в частности, поддерживая решения созванного им в 449 г. II Эфесского собора (известного также как «Разбойничий») и не принимая решений Халкидонского собора, созванного в 451 г. новыми правителями, Пульхерией и Маркианом. В распоряжении у Евдокии были весьма значительные средства и она много всего построила в Иерусалиме: возможно, ею была перенесена часть стены, возведены базилика у Силоамской купели, гигантская базилика мч. Стефана за северными воротами города и другие постройки. До нас дошли отголоски некоего конфликта, когда Евдокия оказалась осаждена в своем дворце. Последующая трактовка, восходящая к ее идейным противникам, говорит, что комит Сатурнин по приказу Феодосия II почему-то убил двоих не то клириков, не то евнухов из штата Евдокии, а Евдокия в ответ казнила самого Сатурнина. Но есть и другие сведения, содержащиеся в сирийском Житии архимандрита Варсумы, – что у Евдокии произошел конфликт с местными монахами, поскольку она приговорила к казни монахов Варсумы за то, что они побили камнями иудеев. После этого толпа двинулась ко дворцу царицы: «Все христиане сказали один другому: царица хочет коварно умертвить христиан, – и прибавляли: “Мы сожжем огнем царицу и всех, кто с ней”. Епископы писали обязательные письма и послали их в города и села, чтобы собрать большее количество народу. Они явились в Иерусалим, и город наполнился до краев, и не мог вместить народу, который собрался. Все ждали, что прикажет царица, чтобы потом сжечь ее в огне. На шестой день губернатор прибыл с большим числом народу и он остановился на расстоянии от Иерусалима и боялся войти в Иерусалим из страха быть побитым камнями, и послал за братьями, которые были в тюрьме»81.
Кроме того известно, что после Халкидонского собора 451 г. иерусалимский клир не принял своего архиепископа Ювеналия, который был одним из руководителей на II Эфесском соборе, а потом, на Халкидонском соборе, отрекся от своих убеждений и перешел на сторону власти. В Иерусалиме тогда провозгласили антиепископа Феодосия и 20 месяцев город не подчинялся властям, после чего был взят императорской армией. Евдокия поддерживала восставших, а при захвате города правительственными войсками, по-видимому, вновь пережила осаду