Для Византии многие из конфликтов второй половины VI в. были связаны с религиозными вопросами. Так, например, конкурент Зинона Василиск сумел захватить столицу, но был низложен по причине отмены им судьбоносных решений Халкидонского собора (451 г.). Впрочем, сам Зинон также пытался «нейтрализовать» решения этого Вселенского собора, которые не были приняты многими христианами византийских провинций – Египта, Сирии, Армении, – сделавшими выбор в пользу монофизитского богословия. С именем Зинона связана попытка примирить конфликтующие стороны на основании некоего усредненного исповедания. Это было отражено в его «Энотиконе», изданном совместно с патриархом Акакием в 482 г. С этого документа берет начало менофелитская ересь. В 484 г. папа Феликс III осудил еретический документ и отлучил патриарха Акакия от церкви. Начался первый раскол между Римской и Константинопольской кафедрами, который был завершен восстановлением православия в империи в 518 г.
Конец правления Зинона был омрачен как суровыми религиозными преследованиями православных, верных решениям Халкидонского собора, так и восстаниями в восточных областях империи. В Константинополе Зинон также восставил многих против себя, что было связано с его мнительностью, конфискациями имущества богатых и процессами по доносам. После его смерти от эпилепсии в 491 г. престол наследовал силенциарий Анастасий, ставший мужем вдовы Зинона. В его правление также продолжались серьезные конфликты с религиозной подоплекой. Анастасий симпатизировал монофизитам, тогда как защита православия была на знамени его конкурента Виталиана, троекратно поднимавшего восстание. Война с ним длилась с перерывами несколько лет, а в 513 г. его войско даже стояло под стенами Константинополя.
За годы своего правления Анастасий стремился к снижению роли военных элит в управлении государством. В первую очередь это выражалось в его борьбе с исаврами и исаврийским восстанием. Основной его опорой была городская верхушка Константинополя, по этой причине главные устремления и достижения его правления находились в налоговой и финансовой сфере. Кратко это можно охарактеризовать так: Анастасий был одним из немногих византийских императоров – похоже, их было всего два, – которые оставили после себя полную казну. В остальное время казна почти постоянна была пуста, хотя это было следствием не слабости византийской экономики, а постоянно больших расходов огромного государства, финансовая мощь которого не поспевала за его потребностями. При Анастасии большая часть налогов (включая налог на армию) была переведена в денежное измерение, были введены морские таможни, ответственность за сбор налогов была перенесена с городских курий (что тяжело отражалось на сельском населении) на откупщиков. При Анастасии не велось обширного строительства, и были кардинально сокращены расходы на роскошь, двор и зрелища. Все это позволило наполнить казну, хотя изъятие большого количества золота из обращения начало затруднять торговлю, а денежный характер налогов приводил к большой задолженности населения.